Die in folgender Verlaufsbeschreibung vergrößert und fett hervorgehobenen Verkehrsübergänge bzw. Passhöhen liegen innerhalb des Einzugsgebietes der Limmat.
Die Linth entsteht auf rund 1.000 m Seehöhe im Kanton Glarus in den Glarner Alpen am Nordabhang des Tödi-Massives durch Zusammenfluss mehrerer Quellbäche (Sandbach, Limmernbach etc.), die auf über 2.200 m Seehöhe entspringen. Sie fließt vorerst nordwärts durch das sogenannte Glarnerland. Vor der Ortschaft Linthal (653 m) fließt ihr von Westen der Fätschbach zu, dessen Tal die Glarner Alpen im Süden von den Zentralschweizer Voralpen im Norden trennt und es führt durch dieses Tal eine Straße über den Klausenpass ins Reusstal.
Ab dem Fätschbachzufluss bildet die Linth selbst die Grenze zwischen den Glarner Alpen (rechtes Ufer) und den Zentralschweizer Voralpen (Westufer). In der 11 km flussabwärts gelegenen Ortschaft Schwanden (521 m) fließt ihr von rechts der 18 km lange das gleichnamige Tal entwässernde Sernf zu, der am Voralbgletscher entspringt, der Teil des Skigebiet der „Weißen Arena“ Flims-Laax-Falera ist und durch einen Doppelskilift erschlossen ist (im Bild unten).
Die Linth durchfließt nach dem Sernfzufluss den Kantonshauptort Glarus (472 m, im Bild unten mit dem Glärnisch), nach dem ihr bei Netstal von Westen der Löntsch zufließt (453 m). Dieser rund 6 km lange Bach ist der Abfluss des Klöntalersees (848 m), von dem eine Passstraße über den Pragelpass ins nördlich gelegene Tal der Muota führt.
Weitere 3 km flussabwärts erreicht die Linth die Ortschaft Mollis, nach der sie im 4 km langen Escherkanal in den Westteil des Walensees (419 m) geleitet wird. Von Mollis, wo der Hintergraben von rechts in die Linth einmündet, führt in Nordostrichtung eine Passstraße über den Kerenzerberg zum Südufer des Walensees.
Der über 150 m tiefe und 24 km² große Walensee wird außer vom Escherkanal hauptsächlich von der 33 km langen Seez gespeist, die ihm von Osten bei Walenstadt zufließt. Diese durchfließt in Nordostrichtung das Weisstannental und danach (grösstenteils kanalisiert) in Nordwestrichtung das Seeztal (siehe Karte unten). Durch das Seeztal verlaufen die Hauptverkehrsrouten über den Sarganser Sattel ins Tal des Alpenrheins.
Das Süd- und Nordufer des Walensees ist von über 2.000 m hohen Bergketten begrenzt, die steil zum See abfallen. Sarganser Sattel, Seeztal, Walensee, Linthkanal, Zürichsee und Limmat bilden bis zum Ende des Alpengebietes im Kanton Aargau die Süd- bzw. Südwestgrenze der Appenzeller Alpen, und zwar vom Sarganser Sattel bis zur Linthmündung in den Walensee zu den Glarner Alpen und westlich der Linthmündung zu den Zentralschweizer Voralpen. Der Walensee trennt somit die Appenzeller Alpen im Norden von den Glarner Alpen im Süden. Nur ein rund 1,5 km langer Uferstreifen in der Südwestecke des Sees zwischen der Einmündung des Escherkanals (im Bild unten linke Bildhälfte) und dem Ausfluss des Linthkanals (rechte Bildhälfte) ist seit der Linthkorrektur den Zentralschweizer Voralpen zuzuordnen.
Vor dem Bau des Escherkanals mündete die die Voralpen begrenzende Linth nämlich nicht in den Walensee, sondern floss von Näfels in Nordnordwestrichtung in die zwischen Walen- und Zürichsee liegende Linthebene und erreichte diese 2 km westlich des Westufers des Walensees bei Ziegelbrücke, wo sie sich mit der Maag, dem damals noch nicht kanalisierten Abfluss des Walensees, vereinigte. Heute münden dort die das Niederurnertal, Oberurnertal, Schwändital und Oberseetal entwässernden zur Chli Linthi zusammengefasst kanalisierten in etwa dem alten Linthbett folgenden Bäche (Dorfbach, Rauti, Brändbach, Sulzbach) von links in den Linthkanal. Nord- und Ostufer des Walensees (im Bild unten) liegen im Kanton St. Gallen. Ebenso der östliche Teil des Südufers (von Walenstadt bis Murg) und der nördliche Abschnitt des kurzen Westufers bis zum Austritt des Linthkanals. Die Westhälfte des Süd- und Südwestufers des Walensees von Mühlehorn bis zum Austritt des Linthkanals gehört zum Kanton Glarus.
Die Linth wird am Westufer des Walensees bei der Ortschaft Wesen durch den rund 37 km langen Linthkanal in Nordwestrichtung durch die Linthebene zum Zürichsee geleitet. Der Linthkanal bildet im oberen Verlauf die Kantonsgrenze zwischen St. Gallen (Nordufer) und Glarus, verläuft dann über das Gebiet des Kantons St. Gallen und wird im unteren Abschnitt bis zur Mündung in den Zürichsee (406 m, im Bild unten) bei Schmerikon zur Kantonsgrenze zwischen St. Gallen und Schwyz.
Kaum 200 m nördlich der Linthkanalmündung erreicht bei Schmerikon auch der im Oberlauf Goldingerbach genannte 14 km lange Aabach den Obersee genannten südlichsten Teil des Zürichsees. Durch Nebentäler des Aabachs führen Straßen über den Rickenpass und Oberricken ins Toggenburg genannte oberste Thurtal und somit ins Einzugsgebiet des Hochrheins.
Der 88 km² große, 42 km lange, bis zu 3,85 km breite und bis zu 136 m tiefe Zürichsee ist bananenförmig und hat ein Volumen von fast 4 km³. Der südlichste Teil des Sees wird Obersee genannt.
Dieser verläuft von der Linthkanal- und Aabachmündung bei Schmerikon 12 km in Ost-Westrichtung bis Rapperswil (Nordufer), wo er durch eine vom Südufer bei Pfäffikon (Gemeinde Freienbach) ausgehende Hurden genannte Halbinsel auf rund 1,5 km verengt und durch einen von 2 Brücken unterbrochenen künstlichen Damm (Seedamm von Rapperswil, siehe Bilder unten) vom restlichen See, der westlich der Engstelle in Nordwestrichtung dreht, getrennt wird.
Am Nordwestende des Sees liegt der Kantonshauptort Zürich, in dessen Stadtgebiet der Limmat genannte Ausfluss des Sees liegt. Durch den Obersee verläuft die Kantonsgrenze zwischen St. Gallen (Nordufer) und Schwyz (Südufer).
Der zu St. Gallen gehörende Teil des Nordufers des Zürichsees endet am Westrand des Ortsgebietes von Rapperswil. Der Schwyzer Teil des Südufers endet 5,5 km westlich von Pfäffikon nach der ebenfalls zur Gemeinde Freienbach gehörenden Ortschaft Bäch. Nordwestlich der Linie Rapperswil-Bäch liegt der Zürichsee zur Gänze innerhalb des Kantons Zürich. Das Dreikantoneneck Zürich/St. Gallen/Schwyz liegt am Seedamm östlich der beiden zu Schwyz gehörenden Inseln Lützelau und Ufenau (im Bild unten).
Von Norden mündet außer dem bereits erwähnten Aabach bei Schmerlikon auch die 20 km lange Jona in den Obersee (im Bild unten), und zwar im gleichnamigen Ortsteil der Gemeinde Rapperswil-Jona, aus deren Tal und Nebentälern Verkehrswege über den Übergang Gibswil ins Tal des Hochrheinzubringers Töss und über die Übergänge Schufelberger Egg und Hinwil ins Einzugsgebiet des Hochrheinzubringers Glatt führen. Das Tal der Jona ist mit dem Tal eines rechten Jonazuflusses durch den Übergang Bachtel/Orn verbunden.
Nordwestlich von Rapperswil verliert der das Nordostufer des Zürichsees vom Tal des Glattzubringers Ustermer Aa begrenzende Höhenrücken stark an Höhe und Breite, sodass im folgenden 20 km langen bereits im Kanton Zürich liegenden Uferabschnitt bis Meilen nur kurze Bäche den Zürichsee erreichen und es bestehen unzählige Verkehrswege vom Nordostufer des Zürichsees ins Tal der Ustermer Aa, die durch die auf beiden Seiten der Scheitellinie gelegenen Ortschaften verlaufen. Erst nördlich der Ortschaft Uetikon am See (im Bild unten) gewinnt die Kammkette wieder an Höhe und durchläuft bis ins Stadgebiet von Zürich den Höhenzug des Pfannenstiels, wobei unter diesem Begriff die gesamte den Zürichsee im Nordosten begrenzende aus den Erhebungen Zürichberg, Adlisberg, Wassberg und Pfannenstiel (sozusagen im engeren Sinn) bestehende Bergkette zu verstehen ist.
Aus dem Tal des bei Obermeilen einmündenden Beugenbaches führt eine kleine Passstraße über den Passübergang Pfannenstiel ins Tal des Hochrheinzuflusses Ustermer Aa kurz vor deren Einmündung in den Greifensee.
Aus Zuflusstälern des bei der 7 km nordwestlich von Meilen in der Seeortschaft Erlenbach (im Bild unten) in den Zürichsee mündenden Dorfbaches führen Verkehrswege über den Guldenen, sowie Hauptverkehrsrouten über den Forch zum Greifensee, dessen Abfluss Glatt in den Hochrhein mündet.
Bei dem bereits im Stadtgebiet von Zürich liegenden Zürichhorn mündet kurz vor dem Austritt der Limmat noch der Hornbach in den Zürichsee, aus dessen Quellgebiet über den Übergang Katzenschwanz/Buechwisen Verkehrswege ins oberste Glatttal führen.
Von Süden münden bei der Ortschaft Lachen die dem Wägitalersee (900 m, im Bild unten) entsprungene und das gleichnamige Tal entwässernde 14 km lange Wägitaler Aa -, und am östlichen Ortsrand von Pfäffikon der kaum 5 km lange Talbach in den Obersee. Vom Mittelteil des Wägitales führt in Westrichtung eine über das Sattelegg verlaufende Straße zum Sihlsee. Vom Quellgebiet eines Talbachzuflusses führt in Südrichtung über den Etzelpass ebenfalls eine Straße ins Sihltal.
Nordwestlich der im Kanton Zürich am Südwestufer gelegenen Ortschaft Wädenswil (im Bild unten) mündet am Ostrand der bereits zur Agglomeration Zürich zählenden Ortschaft Horgen der 8 km lange Aabach in den Zürichsee, aus dessen Tal eine Straße über den Hirzel ins Sihltal führt.
Im 14 km langen restlichen Abschnitt des Südwestufers des Zürichsees zwischen Horben und dem Austritt der Limmat in der Stadt Zürich erreichen nur mehr kaum 2 km lange Kleinbäche den Zürichsee, da sich die Sihl bis auf 3 km dem Zürichseeufer annähert und parallel zu diesem bis ins Stadtgebiet von Zürich verläuft. Zahllose Verkehrswege verbinden das dicht besiedelte Zürichseeufer mit dem Sihltal, da der diese Gewässer trennende Hügelzug auf unter 550 m absinkt und zahlreiche Ansiedlungen auf bzw. an beiden Seiten der Scheitelhöhe liegen. Abschnittsweise verläuft auch die Autobahn A 3 (Verlauf siehe Karte unten) auf der Kammlinie.
Unmittelbar nach Austritt der Limmat aus dem Zürichsee ist diese bis zur linksseitigen Einmündung der Sihl (im Bild unten) beim sogenannten Platzspitz, einer mitten im Stadtgebiet liegenden Parkanlage, die vom Züricher Hauptbahnhof und dem Landesmuseum von der historischen Altstadt getrennt ist, bedingt durch ein System von der Elektrizitätsgewinnung dienenden Wehranlagen vom Zürichsee herein bis ins Stadtgebiet schiffbar. In diesem Abschnitt mündet der im unteren Bereich innerhalb des städtischen Kanalsystems verlaufende 3 km lange Wolfbach von rechts ein, aus dessen Quellgebiet über den Zürichberg Hauptverkehrsrouten nach Dübendorf ins Tal des Hochrheinzuflusses Glatt führen.
Die 68 km lange Sihl (Flussverlauf siehe Karte unten) entspringt in den Zentralschweizer Voralpen am Nordosthang des Drusberges im Kanton Schwyz südlich von Studen und östlich des Hoch-Ybrigs auf rund 1.800 m Seehöhe.
Bei Einsiedeln wird sie zum Sihlsee (889 m) aufgestaut (im Bild unten die Staumauer), dem mit einer Oberfläche von 11 km² größten Stausee der Schweiz. Den Stauraum erreicht am Südrand des Sees unmittelbar neben der Sihl auch die 13 km lange Minster, aus deren Quellgebiet über das Ibergeregg eine Straße ins Tal des Vierwaldstättersee(Reuss)-Zuflusses Muota führt. In der am Ostufer des Sihlsees gelegenen Ortschaft Willerzell mündet der Rickentalbach in den See, aus dessen Tal eine Straße über das Sattelegg ins östlich benachbarte Tal der Wägitaler Aa führt.
Die Sihl verlässt den Stausee nordöstlich von Einsiedeln (im Bild unten das Kloster und die Skisprungschanzen) in Nordrichtung, durchfließt in Westrichtung drehend die Ortschaft Egg (857 m, Geburtsort des Multigelehrten und Arztes Paracelsus im Jahr 1493), passiert die Tüfelsbrugg, von wo in Nordrichtung eine Straße über den Etzelpass zum Zürichsee führt, und erreicht den Verkehrsknoten Biberbrugg, wo ihr von Süden die 19 km lange Alp zufließt (786 m), der ihrerseits kurz vorher die 15 km lange Biber zugeflossen ist, aus deren Tal über den Raten, das Tänndlichrüz und den Sattelpass Verkehrswege ins Reussgebiet führen.
Rund 6 km flussabwärts der Alpmündung tritt die Sihl vor der Ortschaft Hütten in den Kanton Zürich über und wird nach Hütten zur Kantonsgrenze zwischen Zürich (linkes Ufer) und Zug. Von der 3 km flussabwärts gelegenen Ortschaft Finstersee führen über das Chlausenchäppeli und Menzingen Straßen ins Tal des Reusszubringers Lorze.
Rund 12 km weiter erreicht die danach in Nordrichtung fließende Sihl die Streusiedlung Sihlbrugg (535 m, im Bild oben die dortige Babenwaag genannte Sihlbrücke), von wo einerseits in Westrichtung Verkehrswege über Neuheim/Müli und Baarerboden ins Reussgebiet -, und andererseits in Ostrichtung über den Hirzel zum Zürichsee führen.
Danach tritt die Sihl zur Gänze in den Kanton Zürich über, durchfließt die Talenge beim Sihlzopf (666 m) und fließt weiter in Nordrichtung westlich begrenzt vom Höhenzug des Albis (im Bild unten in der linken Bildhälfte) und erreicht nach mehr als 10 km die Ortschaft Langnau am Albis, von der über den Albispass und das Buechenegg Straßen ins Reppischtal führen.
Die Sihl durchfließt nach Langnau die Ortschaft Adliswil (451 m), erreicht weiterhin westlich begleitet von der 19 km langen Albiskette (im Bild unten von Zürich aus gesehen) das südwestliche Stadtgebiet von Zürich und mündet im Stadtzentrum am Platzspitz in die Limmat.
Die Limmat durchfließt in Westrichtung das Stadtgebiet von Zürich (im Bild unten), passiert den 10 km flussabwärts der Sihlmündung gelegenen Vorort Schliern, vor dem ihr im Stadtteil Altstetten von rechts der von Uitikon-Waldegg (Übergang ins Reppischtal) kommende Albisrieder Dorfbach zugeleitet wird, und erreicht kaum 1 km weiter die Ortschaft Dietikon (384 m), wo ihr von rechts der 4,4 km lange Länggenbach, aus dessen Tal eine über das Folenmoos führende Straße zum Katzensee führt, und von links die Reppisch zufließen.
Die 27 km lange Reppisch entspringt auf 742 m Seehöhe als Chrebsbach im Kanton Zürich am Albis und entwässert ein Gebiet von 69,1 km². Dieser mündet nach 2 km in den Türlersee (643 m), von wo über den Albispass eine Straße ins Sihltal -, und über die Übergänge Tüfenbach, Vollenweid, Aeugst am Albis und Müliberg Verkehrswege ins Tal des Reusszubringers Jonen verlaufen.
Nach seinem Austritt aus dem Türlersee durchfließt der nunmehr Reppisch genannte Fluss das Aeugstertal und die Ortschaft Tägerst (585 m), von der in Ostrichtung eine über das Buechenegg führende Straßenverbindung ins Sihltal besteht. Von der nur 1 km weiter flussabwärts gelegenen Ortschaft Aumüli (578 m, im Bild unten die für den Ort namengebende Mühle mit Sägerei links daneben) führt in Nordwestrichtung über Schladhau eine Passstraße ins Einzugsgebiet des Reusszubringers Jonen.
Die Reppisch durchfließt die Ortschaft Stallikon (551 m) und erreicht 7 km flussabwärts von Aumüli die Ortschaft Landikon, von der in Westrichtung eine über den Ättenberg führende Straße ins Tal des linken Reppischzuflusses Wüeribach führt.
In der 3 km flussabwärts von Landikon gelegenen Ortschaft Birmenstorf (468 m) mündet von links der Wüeribach in die Reppisch, aus dessen Zuflusstälern über die Übergänge Bonstetten, Islisberg, Buechrüti und Englisächer Verkehrswege ins Reussgebiet -, und über den Ättenberg nach Landikon im Reppischtal führen. Von Birmenstorf (im Bild unten) in Ostrichtung führt eine Straße über Uitikon-Waldegg ins Limmattal bzw. das westliche Stadtgebiet von Zürich.
Knapp 5 km flussabwärts von Birmenstorf mündet von links der Rummelbach ein (431 m), durch dessen Tal Hauptverkehrsrouten über den Mutschellen ins Reusstal führen. In der weitere 5 km flussabwärts gelegenen Ortschaft Dietikon mündet schließlich die Reppisch von links in die Limmat.
Die Limmat passiert 4 km unterhalb der Reppischmündung die Ortschaft Oetwil an der Limmat, wo der Chrebsenbach von rechts einmündet und von der in Nordrichtung eine kleine Passstraße über den Hüttikerberg ins Tal des rechten Limmatzuflusses Furtbach führt.
Nach Oetwil an der Limmat tritt die Limmat in den Kanton Aargau über und es fließt ihr in der Ortschaft Würenlos (393 m) der 13 km lange die Alpen/Jura-Grenze bildende Furtbach (im Bild unten) von rechts zu, aus dessen Tal Verkehrswege über die Übergänge Katzenrüti ins Glattgebiet und über den Hüttikerberg ins Limmattal führen.
Bis zum 6 km flussabwärts gelegenen Bezirkshauptort Baden wird die Limmat zum Grenzfluss zwischen dem Jura (rechtes Ufer) und den den Zentralschweizer Voralpen vorgelagerten voralpinen Mittellandgebirgszügen entlang des linken Ufers. Der ihr linkes Ufer begleitende (alpine) Heitersberg endet bei Baden und es findet dort der ihr rechtes Ufer dem Faltenjura zugehörige Lägeren am linken Ufer im Hundsbück (539 m) und Baldegg seine Fortsetzung.
Die Limmat tritt somit in Baden durch eine bloß 200 m breite Klus (im Bild unten) gänzlich ins Juragebiet über und erreicht nach 10 km bei Untersiggenthal die Aare.