Die in folgender Verlaufsbeschreibung vergrößert und fett hervorgehobenen Verkehrsübergänge bzw. Passhöhen liegen innerhalb des Einzugsgebietes der Ybbs.
Die 138 km lange Ybbs entspringt als Weiße Ois in Niederösterreich in den Ybbstaler Alpen an der Nordflanke des Großen Zellerhutes (1.639 m), der Grenzberg zur Steiermark ist, auf rund 1.350 m Seehöhe.
Von West- in Nordrichtung drehend durchfließt sie ein unbewohntes Tal (siehe Bild unten) und wird kurz vor dem rechten Zufluss des Neuhauser Baches (760 m), durch dessen Tal eine Straße über den Zellerrain ins Ennsgebiet und nach Mariazell führt, nur mehr Ois genannt.
Auf den nächsten 8 km von beiden Seiten unbewohnte Täler entwässernde Bäche aufnehmend und begleitet von der Zellerrain Straße B 71 passiert sie die Weiler Holzhüttenboden (740 m) und Langau (681 m), bis ihr bei Maierhöfen von rechts der Lackenbach zufließt, durch dessen Tal eine Straße zum Fremdenverkehrsort Lackenhof und weiter über den Übergang Raneck ins Erlauftal führt.
Wieder in Westrichtung drehend erreicht die Ois nach 4 km den Weiler Oisreitel (628 m), wo die Zellerrain Straße das Tal in Nordrichtung verlässt und zum Übergang Grubberg führt, wo sie in die ins Erlauftal nach Gaming führende Erlauftal Straße B 25 mündet.
Nach rund 3 km mündet am Westrand der Ortschaft Lunz am See von Norden der Mühlbach ein, durch dessen Tal die Erlauftal Straße B 25 über den Grubberg nach Gaming ins Erlauftal führt. Im Zentrum von Lunz am See (601 m) mündet von Süden der den Lunzer See (608 m, im Bild unten) entwässernde Seebach -, und kurz danach von Norden der 5 km lange Bodingbach ein, durch dessen Tal eine Nebenstraße und die Ybbstalbahn über den Weiler Pfaffenschlag (Bodingsattel) ebenfalls nach Gaming führen.
Nach Lunz am See in Südwestrichtung fließend und nunmehr begleitet von der Erlauftal Straße B 25 erreicht die Ois nach 10 km die Ortschaft Göstling an der Ybbs (im Bild unten), ab wo sie Ybbs genannt wird und in der ihr von Süden der 6 km lange Göstlingbach zufließt (530 m), dem die B 25 aufwärts folgt und über den Lassinger Sattel ins Salzatal führt.
Nach Göstling, – nunmehr begleitet von der Ybbstal Straße B 31 und der Ybbstalbahn -, fließt die Ybbs kurz in Nord- und dann in Westrichtung und passiert nach 8 km die Ortschaft St. Georgen am Reith, wo von Norden der bloß 400 m lange Reithbach zufließt, dem eine zur Passhöhe Große Kripp führende Nebenstraße folgt.
Weiterhin von beiden Seiten nur kleine unbewohnte Seitentäler entwässernde Bäche aufnehmend erreicht die Ybbs nach 10 km die Ortschaft Hollenstein an der Ybbs (im Bild unten), in der sie in Nordrichtung dreht und ihr von Süden der Hammerbach zufließt (451 m), durch dessen Tal eine Straße über den Übergang Kleinpromau ins Salzatal führt.
Nur 3 km unterhalb von Hollenstein passiert die Ybbs nach rechtsseitigem Zufluss des Krenngrabens (444 m) die Rotte Steinhaufen, wo von links der Thalbauerbach zufließt und in Westrichtung eine Straße das Ybbstal verlässt, die über den Übergang Pichlhöhe-Saurüssel nach Weyer ins Oberösterreichische Ennstal führt.
Nach weiteren 12 km erreicht die Ybbs die Ortschaft Opponitz, bei der von Osten der gleichnamige Bach einmündet (410 m). Durch ein Nebental des Opponitzbaches führt eine Straße in den Weiler Glatzreith, von dem Straßen einerseits in Südrichtung über die Große Kripp ins obere Ybbstal -, und andererseits in Nordrichtung über die Kleine Kripp nach Ybbsitz führen.
Noch bevor die Ybbs die 13 km unterhalb gelegene Bezirkshauptstadt Waidhofen an der Ybbs (im Bild unten) erreicht, mündet von Osten beim Weiler Gstadt die Kleine Ybbs ein (362 m).
Die 25 km lange Kleine Ybbs entspringt als Schwarze Ois im Feierabendgraben in den Ybbstaler Alpen am Ostabhang der Forsthöhe (1.047 m) auf rund 850 m Seehöhe unweit der Jörglkapelle (im Bild unten), die am Übergang nach St. Georgen am Reith ins Ybbstal steht.
In Nordrichtung fließend passiert sie meist verfallene Gehöfte und erreicht nach rund 12 km den kleinen Wallfahrtsort Maria Seesal, nach dem ihr von Osten der 5 km lange Zogelsbach zufließt (471 m), durch dessen Tal eine Kleinstraße über den Übergang Gadenweithöhe in den Talschluss des Kleinen Erlauftales führt.
Auch durchs Tal des weitere 2 km flussabwärts östlich einmündenden Dirnbaches führt eine Nebenstraße über die Gangleithöhe ins Tal der Kleinen Erlauf. Nachdem die Schwarze Ois in Westrichtung gedreht hat, mündet von Nordosten der fast 5 km lange Haselgrabenbach ein (435 m), durch dessen Tal die höherrangige Grestner Straße über die Ybbsitzer Höhe nach Gresten führt. Von der Westauffahrt zweigt in Nordrichtung eine über den Übergang Zulehen in den Urnbachgraben führende Straße ab.
Nunmehr von der Grestner Straße B 22 begleitet erreicht die Schwarze Ois Ybbsitz, den Hauptort des Tales, in dem von Süden der Prollingbach einmündet, durch dessen Tal eine Straße über die Kleine Kripp ins Tal des Opponitzbaches führt.
Westlich von Ybbsitz (im Bild unten) passiert der nunmehr Kleine Ybbs genannte Fluss die Ansiedlungen Ederlehen (392 m) und Steinmühle (376 m) und mündet schließlich an der östlichen Waidhofener Gemeindegrenze in die Ybbs (362 m).
In Nordwestrichtung durchfließt die Ybbs das Stadtgebiet von Waidhofen an der Ybbs, in dem ihr von links der die Ybbstaler Alpen von den Oberösterreichischen Voralpen trennende Schwarzbach (im Bild unten) zufließt, durch dessen Tal eine Straße über die Türkenschanze ins Oberösterreichische Ennstal führt. Durchs Tal des linken Schwarzbachzuflusses Redtenbach führt eine Straße über den Neustifter Sattel ebenfalls ins Oberösterreichische Ennsgebiet. Vom Redtenbachtal zweigt in Nordrichtung eine Nebenstraße ab die über den Übergang Sooserhöhe in nördlich benachbarte linke Ybbs-Zuflusstäler führt.
Gegenüber der Schwarzbachmündung erreicht der von Osten kommende Urnbach (im Bild unten) die Ybbs, aus dessen Tal einerseits eine Straße in Nordostrichtung zum Übergang St. Leonhard am Wald, wo Straßen abzweigen, die entweder in benachbarte rechte Ybbs-Zuflusstäler oder ins Tal der Kleinen Erlauf führen, und andererseits vom hintersten Talabschnitt eine Kleinstraße in Südrichtung über den Übergang Zulehen zur Westauffahrt des Scheiblauer verläuft.
Zum Grenzfluss zwischen den Oberösterreichischen Voralpen (linkes Ufer) und den Ybbstaler Alpen geworden verlässt die Ybbs das Stadtgebiet von Waidhofen an der Ybbs. Nach östlichem Zufluss des Luegbaches, durch dessen Tal ebenfalls eine Straße nach St. Leonhard am Wald führt, mündet 2 km flussabwärts von Waidhofen im Industriegebiet der Böhlerwerke von Westen der Nellingbach in die Ybbs, von dessen Tal Straßen über die Sooserhöhe ins Redtenbachtal, sowie über Großau und die Wieserhöhe in die Täler rechter Url-Zuflüsse führen.
Die Ybbs passiert in Nordrichtung den vom Ostufer aufragenden Sonntagberg (712 m), durchfließt Rosenau am Sonntagberg (342 m), den Hauptort der Gemeinde Sonntagberg, geht ins Alpenvorland über, passiert die Ortschaft Kematen an der Ybbs (330 m), tritt in die Ybbsebene ein, durchfließt in dieser Ulmerfeld (325 m) und erreicht rund 22 km unterhalb von Waidhofen den Westrand der Stadt Amstetten, wo ihr von links die 35 km lange Url (im Bild unten) zufließt, aus deren Tal und Nebentälern über die Übergänge Großau und Wieserhöhe Straßen ins Nellingbachtal, sowie über die Übergänge Weidenberg, Urltal Monument und Kürnberg ins Ennsgebiet führen.
In Ostnordostrichtung drehend durchfließt die Ybbs nach der Urleinmündung den südlichen Stadtrand von Amstetten, wo ihr von Norden der die Oberösterreichischen Voralpen von der Neustadtler Platte trennende (und somit die Alpengebietsgrenze bildende) Edlabach zufließt, von dessen Quellgebiet über den Übergang Gigerreith eine Straßenverbindung ins Donautal führt.
Auf den letzten 20 km ihres Flusslaufes bis zur Einmündung in die Donau begrenzt die Ybbs einerseits nördlich (weiterhin) die Ybbstaler Alpen, und andererseits südlich die (nicht alpine) Neustadtler Platte und wird daher zur Alpengebietsgrenze und es fließen ihr nur mehr von Süden Bäche des Alpenvorlands zu, deren Täler über zahlreiche namenlose Verkehrsübergänge miteinander verbunden sind. Bei Leutzmannsdorf (258 m) mündet der über 7 km lange Zauchbach ein, durch dessen Nebentäler Straßen über die Übergänge Sankt Leonhard am Wald und Hochkogel-Graswinkel ins Tal der Kleinen Erlauf führen.
Rund 7 km weiter flussabwärts mündet südlich von Blindenmarkt bei Günzing (240 m) der Ferschnitzbach in die Ybbs (im Bild unten), aus dessen Nebentälern über die Übergänge Thurhofwang und Hummel weitere Straßen ins Tal der Kleinen Erlauf führen.
Durchs Tal des nach weiteren 6 km südlich von Neumarkt an der Ybbs (231 m) einmündenden Köchlinger Baches führt eine Straße über Thurhofglasen in ein Nebental des Tals der Kleinen Erlauf.
Aus dem Tal des weitere 3 km flussabwärts in die Ybbs einmündenden Moosbaches führt einerseits eine Straße über Mooswald-Holzhäuseln in ein Nebental der Kleinen Erlauf, und andererseits erreicht über den Pfaffenberg eine weitere Nebenstraße den Unterlauf der Kleinen Erlauf.
Schließlich wird die Ybbs von der Westautobahn A 1, der Bundesstraße 1 und der Westbahn überquert und erreicht ihr Mündungsgebiet (siehe Bild unten) am Südostrand der Stadt Ybbs an der Donau, von der über das Ödfeld Straßen nach Wieselburg und Petzenkirchen ins untere Erlauftal führen.
Die Donau passiert nach der Ybbsmündung den hoch über dem nördlichen Donauufer gelegenen Wallfahrtsort Maria Taferl (443 m, im Bild unten) und die am Südufer gelegene Ortschaft Krummnußbaum und es mündet bei Brunn an der Erlauf weniger als 10 km unterhalb der Ybbsmündung am Westrand des Ortsgebietes von Pöchlarn die Erlauf ein (214 m, Stkm 2.046, siehe Erlauf-Gebiet).
