Die in folgender Verlaufsbeschreibung vergrößert und fett hervorgehobenen Verkehrsübergänge bzw. Passhöhen liegen innerhalb des Einzugsgebietes der Perschling.
Die Perschling entspringt auf 693 m Seehöhe beim sogenannten Römerstein im Westlichen Wienerwald in der Gemeinde Perschenegg. Auf kurzer Strecke überwindet sie über 300 Höhenmeter (siehe Bild unten).
Sie durchfließt sodann in Nordrichtung ein nur durch Einzelgehöfte besiedeltes Tal (im Bild unten), bis ihr nach 2 km der Innerkogelbach von Osten zufließt, dem eine Straße aufwärts folgt, die über Windhag nach Michelbach führt.
Die Perschling durchfließt danach die Ansiedlungen Wald (340 m) und Auern (307 m), dreht in Pyhra (298 m) in Nordostrichtung, wird nach Perersdorf (260 m) von der Westautobahn A 1 gequert, dreht vor Böheimkirchen (247 m) wieder in Nordrichtung und es mündet am Nordrand des Ortsgebietes von Böheimkirchen von rechts der Michelbach (im Bild unten) ein.
Der rund 18 km lange Michelbach entspringt östlich der Perschlingquellen im Gemeindegebiet von Michelbach auf knapp unter 600 m Seehöhe und erreicht in Ostrichtung fließend nach 3 km den Hauptort Michelbach Markt (376 m), wo ihm von Südosten der Kleindurlasbach zufließt, aus dessen Tal Straßen über die Passhöhen Durlaß ins Gölsental (Traisengebiet), uber den Stollberg ins Einzugsgebiet der Großen Tulln und über den Kreuzwirt nach Stössing führen.
Ab Michelbach Markt (im Bild unten) in Nordrichtung durchfließt der Michelbach die Ortschaft Gstetten (320 m), vor der in Westrichtung eine Straße das Tal verlässt und über Windhag ins Perschenegg führt.
Der Michelbach erreicht nach 6 km Fahrafeld (285 km) und nimmt nach weiteren 3 km vor der Ortschaft Furth (257 m) von rechts den Stössingbach auf, aus dessen Tal Straßen über den Kreuzwirt nach Michelbach -, sowie über die Übergänge Bonnleiten-Zur Frischen Luft, Barbaraholz und Rothenbucherhöhe ins Einzugsgebiet der Großen Tulln führen.
Rund 2 km nach dem Zufluss des Stössingbaches wird der Michelbach von der Westautobahn A 1 gequert, durchfließt das östliche Ortsgebiet von Böheimkirchen und mündet in die Perschling.
Die Perschling dreht 8 km nördlich der Michelbachmündung bei der am Südfuß des Gutenbrunner Waldes gelegenen Ortschaft Kapelln an der Perschling (226 m) in Nordorstrichtung, passiert die Orte Perschling (210 m) und Langmannersdorf (208 m, im Bild unten der dortige Flusslauf) und verlässt das Alpengebiet.
Von Kanalbauten begleitet tritt die Perschling in die Ebene des Tullnerfeldes ein, dreht bei Atzenburg (186 m) in Nordrichtung und mündet nach 6 km bei Kleinschönbichl in die Donau.
Die Donau passiert nach der Perschlingmündung ein Industriegebiet und wird noch vor der Stadt Tulln von einer Straßenbrücke (Rosenbrücke) überquert (Stkm 1.966), nach der am westlichen Stadtrand von Tulln von Süden die Große Tulln einmündet (177 m, Stkm 1.965, siehe Große Tulln-Gebiet).
