Die in folgender Verlaufsbeschreibung vergrößert und fett hervorgehobenen Verkehrsübergänge bzw. Passhöhen liegen in Bayern innerhalb des Einzugsgebietes der Isar.
Die Isar entspringt im Karwendelgebirge am oberen Talschluss des Karwendeltales auf 1.160 m Seehöhe im österreichischen Bundesland Tirol, dreht nach kurzem Westverlauf bis zur südseitigen Einmündung des das Karwendelgebirge vom Wettersteingebirge trennenden Gießenbaches in Nordrichtung, wird selbst zum Grenzfluss zwischen Karwendel- und Wettersteingebirge (linkes Ufer) und überschreitet bei Scharnitz nach der Talenge Scharnitzpass (955 m, im Bild unten) die deutsche Grenze.
Nach dem Grenzübertritt durchfließt die Isar den Fremdenverkehrsort Mittenwald (923 m, im Bild unten), vor dem ihr von links die ebenfalls aus Österreich kommende 29,9 km lange Leutasch und kurz danach bereits im Ortsgebiet von Mittenwald der 5 km lange Lainbach (im Bild oben dessen Einmündung in die Isar) zufließen, durch dessen Tal eine Straße über den Ferchenseesattel nach Elmau führt.
Noch bevor die Isar die Ortschaft Krün (875 m, im Bild unten) erreicht, vor der von links der das Wettersteingebirge von den Bayerischen Voralpen trennende 11 km lange Kranzbach ihr Tal ereicht, verlässt eine Straße nach Mittenwald das Isartal in Westrichtung, über die entweder über den Sattel von Klais oder über Kranzbach das Loisachtal bei Garmisch-Partenkirchen erreicht werden kann.
Zum Grenzfluss zwischen den Bayerischen Voralpen (linkes Ufer) und Karwendel (Südufer) geworden erreicht die Isar 2 km unterhalb von Krün die Ortschaft Wallgau (866 m), von der eine Straßenverbindung in Nordrichtung über den Wallgausattel zum Walchensee (im Bild unten) und von dort weiter über den Kesselberg ebenfalls ins Loisachtal zum Klochlsee führt.
Nach Wallgau tritt die Isar in Ostrichtung in die Isarwinkel genannte Region ein, verläuft parallel zur österreichischen Grenze bis zum Stausee Sylvenstein (767 m, im Bild unten) und es fließen ihr aus Österreich kommend von Süden der 30 km lange Rißbach, die 17,5 km lange Dürrach und die das Karwendelgebirge von den Bayerischen Voralpen trennende 17,1 km lange Seeache zu.
Die in Österreich liegenden Täler des Rißbaches und der Dürrache sind mit einem KFZ nur über deutsches Staatsgebiet erreichbar. Durch das Tal der Seeache (nach dem Grenzübertritt vor der Mündung Walchen genannt, siehe Karte unten) führen Straßen zum Tiroler Achensee bzw. über den Achenpass zum Tegernsee ins Inngebiet.
Nach dem Staubereich des Sylvensteinsees nunmehr gänzlich innerhalb der Bayerischen Voralpen fließend dreht die Isar in Nordrichtung und durchfließt den Kurort Lenggries (679 m, im Bild unten), kurz vor dem ihr noch von Westen die 22,7 km lange Jachen, der Abfluss des Walchensees zufließt. Vom Walchensee führen Straßen über den Wallgausattel nach Mittenwald ins obere Isartal und über den Kesselberg ins Loisachtal.
In der 10 km flussabwärts von Lenggries liegenden Kreisstadt Bad Tölz (658 m, im Bild unten), wo das Gebiet Isarwinkel endet, fließt von Osten die 14 km lange Große Gaißach zu, durch deren Tal Straße und Bahn über den Sattel von Waakirchen ins Inngebiet führen. Danach passiert die Isar die Stadt Wolfratshausen (576 m), nach der die die Ammergauer Alpen von den Bayerischen Voralpen trennende Loisach westlich (von links) einmündet (565 m).
Die 114 km lange Loisach entspringt im österreichischen (Tiroler) Außerfern nördlich der Scheitelhöhe des Fernpasses auf über 1.000 m Seehöhe in einem Sumpfgebiet zwischen den Lechtaler Alpen und dem Wettersteingebirge (Ostufer).
Nachdem ihr bei Ehrwald von Westen der die Lechtaler Alpen von den Ammergauer Alpen trennende Lussbach zugeflossen ist, überschreitet sie als Grenzfluss zwischen den Ammergauer Alpen (Westufer) und dem Wettersteingebirge oberhalb von Griesen (816 m) in Ostrichtung drehend die deutsche Grenze.
Entlang der Nordabhänge des Zugspitzmassives passiert die Loisach den hoch über ihrem Südufer gelegenen Eibsee (973 m, im Bild unten mit der alten Zugspitz-Seilbahn), die Ortschaft Grainau (758 m) und Garmisch-Partenkirchen (708 m), wo ihr von rechts die 18 km lange Partnach zufließt, die ihrerseits kurz vorher den die Bayerischen Voralpen vom Wettersteingebirge trennenden 11 km langen Kankerbach aufgenommen hat.
Durch die Täler der genannten Bäche führen Verkehrswege über den Sattel von Klais, Kranzbach und den Ferchenseesattel ins obere Isartal bei Krün.
Nach dem Ortsgebiet von Garmisch-Partenkirchen dreht die nunmehr die Grenze zwischen Bayerischen Voralpen (rechtes Ufer) und Ammergauer Alpen bildende Loisach in Nordostrichtung und es fließt ihr nach 9 km bei Oberau (659 m) von Westen der Gießenbach zu, durch dessen Tal eine Straße über den Ettaler Sattel ins Ammertal führt.
Nach Oberau verläuft die Loisach entlang dem östlich gelegenen Estergebirge (Untergruppe der Bayerischen Voralpen) weiter nach Norden (siehe Karte oben), passiert das Murnauer Moos (650 m, im Bild unten), das mit 32 km² das größte zusammenhängende Moorgebiet Mitteleuropas ist, und erreicht die Gemeinde Murnau am Staffelsee, durch die ebenfalls Verkehrswege ins Tal der Ammer führen.
Die Loisach erreicht 10 km unterhalb von Murnau die Ortschaft Großweil (621 m), wo sie nach Südosten abknickt und bei Schlehdorf nördlich des Estergebirges in den Westteil des Kochelsees (600 m) einfließt. Sie verlässt den See an seinem Nordrand westlich von Kochel (im Bild unten), von wo eine Straßen über den Kesselberg zum Walchensee führt, passiert Benediktbeuern und Penzberg (596 m), durchfließt Eurasburg und mündet nördlich von Wolfratshausen in der Pupplinger Au in die Isar.
Nach der Loisachmündung fließt die nunmehr das Voralpengebiet der Ammergauer Alpen vom Voralpengebiet der Bayerischen Voralpen trennende Isar weiter in Nordnordostrichtung, durchfließt nach kaum 20 km die Ortschaft Grünwald, einem der nobelsten Vororte Münchens, passiert die am westlichen Isarhochufer gelegene Ortschaft Pullach im Isartal, die Sitz des deutschen Bundesnachrichtendienstes ist, und erreicht nach weiteren 5 km den südlichen Stadtrand der bayerischen Hauptstadt München, von der bei Föhnwetter die Nordalpen gut sichtbar sind.
Durch verschiedenste Kanalverbindungen (Würmkanal, Schleißheimer Kanal) wird der Isar im Stadtgebiet ein Teil des Wassers der Würm, dem Abfluss des Starnberger Sees (584 m, im Bild unten das am Westufer gelegene „Sisi-Schloss“ Possenhofen), zugeführt.
Die Isar verlässt das Stadtgebiet von München in Nordostrichtung, passiert die Universitätsstadt Freising (448 m) und die Kleinstadt Moosburg, in der ihr von links die Amper zufließt (407 m).
Die Amper, der kurz vor ihrer Einmündung in die Isar bei Dachau der Hauptarm der Würm, der Abfluss des Starnbergersees (mit über 56 km² zweitgrößter bayerischer See), zugeflossen ist, ist selbst der Abfluss des drittgrößten bayerischen Sees, des Ammersees (47 km²). Während der Starnberger See samt dessen südlich angrenzende Osterseen (im Bild unten Blick nach Norden über die Osterseen zum Starnberger See) überwiegend aus unterirdischen Quellen gespeist wird, wird der Ammersee vom Fluss Ammer, der ab dem Ausfluss Amper heißt, durchflossen.
Der insgesamt 185 km lange (davon als Ammer 168 km) Flusslauf (siehe Karte unten) entspringt im Ammergebirge (Ammergauer Alpen) nahe dem Ammersattel auf ca. 850 m Seehöhe im österreichischen Grenzgebiet, ist der längste und wasserreichste (45 m³/s) Isarzufluss und hat ein Einzugsgebiet von 3.100 km².
Die Ammer passiert das im obersten Ammertal gelegene bayerische Königsschloss Linderhof, durchfließt anschließend den bekannten Passionsspielort Oberammergau (837 m), von wo eine Straße über den Ettaler Sattel ins Loisachtal führt, und fließt in Nordrichtung durch die Ammerschlucht (im Bild unten) von wo in Westrichtung über Wildsteigsattel, Rottenbuch-Ziegelstadel und Peiting Straßen ins Lechgebiet führen.
Kurz bevor die Ammer die Kreisstadt Weilheim durchfließt, nimmt sie in der Ortschaft Oberhausen von rechts die den Staffelsee entwässernde Ach und den den Riegsee (659 m) entwässernden Hungerbach auf (570 m). Über die am Staffelsee liegende Ortschaft Murnau erreichen zahlreiche aus dem Ammertal kommende Verkehrswege das Loisachtal. Im Bild unten der Blick über den Riegsee Richtung Süden auf das Estergebirge (linker Bildrand), das Wettersteingebirge (Bildmitte) und das Ammergebirge.
Nach Weilheim (563 m) mündet die Ammer bei der am Südufer gelegenen Ortschaft Fischen in einem Vogelschutzgebiet (im Bild unten) in den Ammersee (533 m) und verlässt diesen als Amper am Nordufer bei Stegen.
Im Alpenvorland durchfließt die Amper die westlich von München gelegenen Städte Fürstenfeldbruck (517 m) und Dachau (482 m). Auf diesem Weg erreichen sie von links die 36 km lange Maisach und die 50 km lange Glonn, durch deren Täler Verkehrswege über das Haspelmoor ins Paartal führen.
Bevor ihr kurz vor ihrer Isar-Einmündung bei Moosburg von rechts die bereits erwähnte Würm zufließt (im Bild unten), erreicht sie noch von links der kleine Otterbach, durch dessen Tal das Abensgebiet über Schweitenkirchen erreicht werden kann.
Nach Moosburg durchfließt die Isar weiter in Nordostrichtung mehrere Stauseen sowie die Städte Landshut (393 m), Dingolfing (365 m, im Bild unten das dortige BMW-Werk) und Landau an der Isar. Vor Landshut erreicht sie von rechts die 55 km lange Sempt, durch deren Nebentäler über Buch am Buchrain und Neufahrn Verkehrsverbindungen ins Inngebiet -, über Untermailing-Seeon sowohl ins Inn -, als auch ins Vilsgebiet -, sowie über den Fuchsberg ins Vilstal führen. Durch die Talschaften des vor Landau einmündenden 68 km langen Längenmühlbaches führt über den Grillenberg eine Straße ins Tal der Großen Laaber.
Nach Landau durchfließt die Isar die Ebene des Donautales und mündet nach 25 km unterhalb von Deggendorf in die Donau (310 m).
Die Donau behält auch nach der Isarmündung weiterhin den Bayerischen Wald südlich begrenzend die Südostrichtung bei und ihr rechtes Ufer begrenzt nunmehr das den Bayerischen Voralpen nördlich vorgelagerte Alpenvorland; allerdings nur 33 Flusskilometer lang, da nach linksseitiger Einmündung des Nesselbaches (Stkm 2.258) in der Stadt Vilshofen an der Donau von rechts die im Unterlauf den Neuburger Wald (Teil des Bayerischen Waldes und somit der Böhmischen Masse) vom Bayerischen Alpenvorland trennende und somit die Alpengebietsgrenze bildende Vils (297 m, Stkm 2.249, im Bild unten) -, und 800 m später die Wolfach (295 m) einmünden.
Die Vils entsteht aus dem Zusammenfluss von Großer und Kleiner Vils in Schalkham (425 m) 69 km oberhalb ihrer Donaueinmündung. Ihr 1.445 km² großes Einzugsgebiet (siehe Karte unten) liegt großteils im Bayerischen Alpenvorland; nur die Nordostecke liegt im nichtalpinen Neuburger Wald. Es wird im Osten vom Einzugsgebiet der Wolfach -, im Süden vom Einzugsgebiet des Inn -, im Westen vom Einzugsgebiet der Isar -, und im Norden vom Donautal begrenzt.
Beide Vils-Quellflüsse entstehen in Oberbayern im Landkreis Erding nordöstlich von München. Der linke (nördlichere) Quellfluss Kleine Vils entspringt als Krumbächlein auf 471 m Seehöhe bei Burgharting, ist (inkl. 3,7 km als Krumbächlein) 38 km lang und fließt stark richtungsändernd (siehe Bild unten) fast parallel zum Unterlauf der Isar in Nordostrichtung. Der das linke Ufer der Kleinen Vils begleitende und deren Tal, in dem u. a. die Orte Vilsheim (467 m), Altfraunhofen (466 m) und Geisenhausen (460 m) liegen, vom untersten Isartal trennende Hügelzug wird von Haupt- und Nebenverkehrswegen an namenlosen Übergängen oft gequert.
Die Große Vils (im Bild unten bei Vilsbiburg) entspringt auf 502 m Seehöhe in einem Wäldchen südlich von Seeon und ist 41 km lang, womit sich die Gesamtlänge des Vils-Flusslaufs von 69 km auf 110 km erhöht.
Von ihrem Quellgebiet führen über den Übergang Untermailing-Seeon Straßen in Westrichtung ins Isargebiet und in Südrichtung ins Inngebiet. In Nordostrichtung fließend erreicht die Große Vils die Ortschaft Taufkirchen (466 m), in der ihr von links (Westen) der Kirchlerner Bach zufließt, aus dessen Tal eine Straße über den Fuchsberg nach Erding ins Isartal führt. Von Taufkirchen verläuft in Südrichtung eine Straße über den Schergenhubsattel ins Inngebiet.
Die Große Vils erreicht 9 km unterhalb von Taufkirchen (Vils) den Markt Velden (im Bild unten der Marktplatz), vor dem bei Babing (454 m) von rechts der Spindlbach einmündet, aus dessen Tal eine Straße über Buchbach ins südlich gelegene Isental und somit ebenfalls ins Einzugsgebiet des Inn führt.
Nach weiteren 15 km passiert die Große Vils die Stadt Vilsbiburg (im Bild unten), in der von rechts der vom Übergang Hinterschachtholz kommende Zeilingbach einündet.
Schließlich kommt es 9 km nordöstlich von Vilsbiburg zur Vereinigung der Großen – mit der Kleinen Vils zur Vils. Diese fließt in Ostnordostrichtung parallel zur nördlich verlaufenden Isar, wird zum Vilstalsee aufgestaut (405 m, im Bild unten), nach 25 km bei Mettenhausen (375 m) von der Hauptverkehrsstraße B 20 gequert und nimmt nach weiteren 19 km von rechts den 42 km langen Kollbach auf (334 m), aus dessen Tal eine höherrangige Straße über Falkenberg ins Tal der Rott und somit ins Einzugsgebiet des Inn führt.
Rund 15 km unterhalb der Kollbacheinmündung erreicht das rechte Vilsufer bei Aunkirchen das Gebiet des Neuburger Waldes und damit das Ende des Alpengebietes. Der Flusslauf der Vils wird zur Alpengebietsgrenze, trennt die Böhmische Masse (Neuburger Wald) vom Alpenvorland (linkes Vilsufer) und erreicht als solcher nach 6 km die Donau bei Vilshofen (im Bild unten).
Die 30 km lange Wolfach entspringt in Niederbayern im Bayerischen Alpenvorland im Ortsteil Stockham der Gemeinde Egglham auf 445 m Seehöhe. Ihr knapp 800 km² großes Einzugsgebiet erstreckt sich auf Gebiete des Bayerischen Alpenvorlandes und des nichtalpinen Neuburger Waldes. Es wird im Osten und Süden vom Einzugsgebiet des Inn -, im Westen vom Einzugsgebiet der Vils -, und im Norden vom Donautal begrenzt.
Vom Quellgebiet in Ostrichtung abfließend passiert sie südlich den Ortsteil Peisting, durchfließt Wolfakirchen (400 m) und erreicht den Hauptort der Gemeinde Haarbach (im Bild unten die dortige katholische Pfarrkirche St.Martin), vor dem von Süden der Mühlbach einmündet, aus dessen Tal eine Straße über die Anhöhe Churfürst ins Rottal führt.
Nach Haarbach kurz in Nordrichtung dreht die Wolfach nach Sachsenham wieder in Ostrichtung und nimmt bei Reisbach (351 m) von Süden den Reisbacher Bach auf, durch dessen Tal eine Straße über den Übergang Dreifaltigkeit ebenfalls ins Tal des Innzubringers Rott führt.
Die Wolfach erreicht unmittelbar nach der Einmündung des Reisbacher Baches in Nordrichtung drehend den am Rande des Neuburger Waldes und somit am Ende des Alpengebietes gelegenen Markt Ortenburg, ab dem sie bis zum Ortsteil Neustift (im Bild unten der dortige Flusslauf der Wolfach) auf einer Strecke von 6 km selbst zur Alpengebietsgrenze wird und den Neuburger Wald (Ostufer) vom Bayerischen Alpenvorland trennt.
Bei Neustift verlässt die Alpengebietsgrenze in Westrichtung ins Vilstal wechselnd das Wolfachtal und die Wolfach fließt ab dort (weiter in Nordrichtung) innerhalb des Neuburger Waldes, passiert den Weiler Zeitlarn (320 m) und erreicht nach 7 km bei Vilshofen die Donau.
Unterhalb von Vilshofen tritt die Donau, – das Alpengebiet verlassend -, ins Gebiet des Bayerischen Waldes und somit der Böhmischen Masse über und trennt den Bayerischen Wald (linkes Ufer) vom Neuburger Wald. Nach linksseitigem Zufluss des Doblmühlbaches bei der Ortschaft Windorf nimmt die Donau von beiden Seiten nur unbedeutende Kleinbäche auf, wird bei Passau-Schalding (im Bild unten) von der Autobahn A 3 (Abschnitt Nürnberg-Suben) gequert (Stkm 2.334) und es mündet nach der Autobahnbrücke von Norden die aus dem Bayerischen Wald kommende 46 km lange Gaißa ein (300 m).
Die Donau erreicht das Stadtgebiet der „Dreiflüssestadt“ Passau, passiert nördlich die Altstadt und es mündet nur 300 m nach linksseitigem Zufluss der Ilz von rechts der Inn ein (291 m, Stkm 2.225, siehe Inn-Gebiet) und führt der Donau auch aus Italien und der Schweiz stammendes Wasser -, und erstmals vom Alpenhauptkamm kommendes Wasser zu.
