Der 517 km lange Inn entspringt am Alpenhauptkamm in der Schweiz (Kanton Graubünden) in den Rätischen Alpen und entwässert ein Gebiet von fast 27.000 km², das sich auf 4 Staaten (Schweiz, Italien, Österreich, Deutschland) erstreckt. Das vom Inn entwässerte italienische Alpengebiet verteilt sich auf 3 voneinander getrennte Teilgebiete, und zwar auf das von der Spöl entwässerte Livignoplateau (Valle di Livigno), den obersten Abschnitt des ins Unterengadin einmündenden Val d’Uina und den vom Faliurbach/Stillebach entwässerten Westteil des Reschenplateaus.
Ab seinem Ursprung begleitet der Inn den Alpenhauptkamm nordwestlich und folgt diesem (in etwa) auch im österreichischen Bundesland Tirol. Er durchfließt das Tiroler Oberinntal, das bei Landeck von Nord- in Ostrichtung schwenkt (im Bild unten).
Zwischen den linksufrigen nördlichen Kalkalpen und den Gebirgsgruppen des Alpenhauptkamms tritt er kurz vor Innsbruck ins Tiroler Unterinntal über, dreht sich allmählich vom Alpenhauptkamm entfernend in Nordostrichtung und verlässt in Nordrichtung bei Kufstein (499 m) Österreich.
Ab der am linken Ufer liegenden deutschen Grenzortschaft Kiefersfelden bildet der Inn für über 10 km die Staatsgrenze zwischen Deutschland (linkes Ufer) und Österreich (rechtes Ufer), tritt bei Windshausen gänzlich auf deutsches Staatsgebiet (Freistaat Bayern) und gleichzeitig ins Alpenvorland über, durchfließt im dort nur mehr Inntal genannten Tal großbögig von Nord- in Ostrichtung drehend die Südostecke Bayerns und erreicht bei Haiming wieder die österreichische Staatsgrenze (Bundesland Oberösterreich). Als Grenzfluss zwischen Bayern und Oberösterreich wieder in Nordostrichtung fließend verlässt der Inn nach Schärding das Alpengebiet, tritt ins Gebiet des donauübergreifenden Teiles des der Böhmischen Masse zuzuordnenden Bayerischen Waldes über, der auf deutscher Seite Neuburger Wald und auf österreichischer Seite Sauwald genannt wird, tritt bei Passau auf deutsches Staatsgebiet über und mündet im Stadtgebiet von Passau auf 291 m Seehöhe in die Donau.
Rund zwei Drittel seines Flusslaufes liegen in den Hochalpen; fast der ganze Rest im Alpenvorland. Nur die letzten 16 km seines Flusslaufes liegen außerhalb des Alpengebietes, weshalb sein Wasser fast gänzlich aus Alpengebieten stammt.
Mit 738 m³/s im Jahresmittel führt er beim Zusammenfluss mehr Wasser als die Donau selbst (690 m³/s). An 7 Monaten im Jahr führt allerdings die Donau mehr Wasser als der Inn, dessen große Jahresabflussmenge sich durch starke periodisch auftretende Hochwasser (Schneeschmelze und erhöhter Niederschlag in den Alpen) erklärt. Er führt der Donau die größte Alpenwassermenge all ihrer Nebenflüsse und erstmals vom Alpenhauptkamm stammendes Wasser zu.
Der Inn ist nach Save und Theiss der drittwasserreichste Donauzufluss. Er entwässert außer Teilen der Rätischen Alpen auch Teilgebiete (an seiner rechten Einzugsgebietsgrenze) der Ötztaler Alpen, der Stubaier Alpen, der Zillertaler Alpen, der Hohen Tauern, der Niederen Tauern, der Salzburger Schieferalpen, des Dachsteingebirges und der Salzkammergutberge. Entlang seiner linken Einzugsgebietsgrenze entwässert er Teilgebiete der Verwallgruppe, der Lechtaler Alpen, des Wettersteingebirges, des Karwendelgebirges, des Rofangebirges, der Bayerischen Voralpen und des am Alpennordrand liegenden bayerischen Alpenvorlandes. Die Tuxer-, Kitzbüheler-, Berchtesgadener- und Chiemgauer Alpen, das Kaiser- und das Tennengebirge, sowie die Loferer und Leoganger Steinberge entwässern zur Gänze in den Inn.
Die rechte Einzugsgebietsgrenze des Inns beginnt außerhalb des Alpengebietes im Bayerischen Wald bei seiner Einmündung in Passau, überschreitet nach kaum 1 km die österreichische Grenze und verläuft weiter innerhalb Österreichs (Bundesland Oberösterreich, Innviertel) vorerst in Südostrichtung durch die nicht zum Alpengebiet zählende Region des Sauwaldes (in Karte unten SW) zwischen den Quellgebieten des bei Schärding einmündenden Innzuflusses Pram einerseits -, und vorerst des Kößlbaches und später des Innbaches andererseits, die beide wie der Inn rechte Nebenflüsse der Donau sind (der Kößlbach mündet in Freinberg -, der Innbach in Wilhering östlich von Eferding in die Donau), und erreicht das Alpengebiet als Inn/Innbach-Wasserscheide in dem auf einem Sattel gelegenen zu St. Willibald gehörenden Ortsteil Aichet.
