Die in folgender Verlaufsbeschreibung vergrößert und fett hervorgehobenen Verkehrsübergänge bzw. Passhöhen liegen innerhalb des österreichischen Teiles des Einzugsgebietes der Isar.
Die offiziell als Isar-Ursprung bezeichneten Quellen befinden sich in Österreich im Hinterautal (im Bild oben) östlich der Ortschaft Scharnitz im zu Tirol gehörenden Teil des Karwendelgebirges auf 1.160 m Seehöhe, wo sich Birkkarbach, Moserkarbach und Lafatscherbach vereinigen (siehe Bild unten).
Der Lafatscherbach entspringt als längster Quellbach der Isar etwa 5 km weiter südöstlich beim Hallerangerhaus (1.768 m) am Westabhang der Passhöhe des Überschalljochs (1.912 m). Diese Quelle wird daher manchmal ebenfalls als Isarquelle bezeichnet (siehe Bild unten).
Die vorerst in Westrichtung fließende Isar verlässt nach über 10 km das weitgehend unbewohnte Hinterautal (im Bild unten) bei Scharnitz.
Auf halbem Weg dorthin fließen ihr von Süden der die Nordseite der Innsbrucker Nordkette entwässernde 13,1 km lange Gleirschbach -, und vor Scharnitz von Norden der das gleichnamige ebenfalls unbewohnte Tal entwässernde 15,4 km lange Karwendelbach (im Bild unten in der Klamm kurz vor der Mündung) zu.
In Scharnitz fließt von Süden der Gießenbach zu, dem kurz vorher von links der das Karwendel- vom Wettersteingebirge trennende Drahnbach zugeflossen ist (siehe Karte unten), durch dessen Tal und Nebentäler über die Übergänge Seefelder Sattel und Möserner Sattel Verkehrswege ins Inntal führen.
Die Täler von Gießenbach-Zuflüssen sind durch den Neuleutascher Mähder miteinander verbunden. Über den Zipfelkamm-Mähder besteht eine Verkehrsverbindung in das dem Drahnbachtal benachbarte Tal des linken Isarzuflusses Leutascher Ache.
Nach dem Gießenbachzufluss (964 m) selbst zum Grenzfluss zwischen Karwendelgebirge (rechtes Ufer) und Wettersteingebirge geworden dreht die Isar in Nordrichtung, passiert die historische Porta Claudia (im Bild unten) und verlässt bei der Scharnitzer Klause Österreich. Noch bevor die Isar die 5 km von der Staatsgrenze entfernte Bayerische Ortschaft Mittenwald erreicht, fließt ihr von links die Leutasch zu (920 m),
Die 30 km lange Leutasch entspringt in Tirol an den Nordhängen des Igelskopfes (2.224 m) und des Breitenkopfes (2.469 m) auf rund 1.830 m Seehöhe im Mieminger Gebirge (Südteil des Wettersteingebirges) im Gemeindegebiet von Ehrwald als Gaistalbach, der vorerst in Nordrichtung fließend beim Iglsee in Ostrichtung dreht, das unbewohnte Gaistal (im Bild unten) durchfließt und dieses als Leutascher Ache bei der Ortschaft Leutasch verlässt, wo ihr von Süden der Ostbach zufließt (1.151 m), von dessen Talschluss über den Buchensattel eine Straße ins Inntal führt.
Sie dreht in Nordostrichtung und passiert die Ortschaft Weidach, wo von rechts der den Weidachsee und den Mühleggsee entwässernde Bach einmündet, dessen Lauf eine über den Zipfelkamm Mähder ins Gießenbachtal und weiter nach Seefeld führende Straße folgt.
Die Leutascher Ache passiert sodann die Ansiedlung Unterkirchen (1.040 m) und die Leutaschschanz, nach der sie die Leutaschklamm (im Bild unten) passiert, nach Bayern übertritt und dort nach weniger als 1 km als Leutasch in die Isar mündet.
Nachdem von Westen der das Wettersteingebirge von den Bayerischen Voralpen trennenden 11 km lange Kranzbach (875 m) das Isartal in der 9 km nördlich von Mittenwald gelegenen Ortschaft Krün erreicht hat, wird die Isar zum Grenzfluss zwischen den Bayerischen Voralpen (linkes Ufer) und dem Karwendelgebirge, dreht in Ostrichtung und es mündet nach 15 km in der Ortschaft Vorderriß von Süden der Rißbach ein (780 m, im Bild unten).
Der 26 km lange Rißbach entspringt in Österreich im Naturpark Hinterriß-Eng im Karwendel auf 1.200 m Seehöhe.
Das Gebiet westlich des Flusslaufs gehört zum Gemeindegebiet der 25 km (Luftlinie) entfernten Unterinntaler Marktgemeinde Vomp; der östliche Teil ist Gemeindegebiet von Eben am Achensee. Beide genannten Tiroler Orte sind über Straßen vom Rißtal aus nur über Bayern erreichbar. Wie das Kleine Walsertal und Jungholz ist somit der österreichische Teil des Rißtals, in dem Hinterriß der einzige ständig bewohnte Ort ist, ebenfalls eine funktionelle Exklave, jedoch nicht deutsches Zollanschlussgebiet.
Der Rißbach tritt 5 km unterhalb von Hinterriß nach Bayern über (im Bild oben der Rißbachfall an der Grenzbrücke Bayern/Tirol) und erreicht nach weiteren 6 km das Isartal bei Vorderriß.
Weniger als 10 km östlich von Vorderriß beginnt der Stauraum des Isar-Stausees Sylvenstein (767 m), in dessen südlichen Arm die Dürrach und in den östlichen Arm die das Karwendel von den Bayerischen Voralpen trennende Walchen (in Österreich Seeache genannt, siehe Karte unten) münden.
Die Quellbäche (Tannauerbach, Tiefenbach, Schleimsbach, Plumsbach, Eiskönigbach, Baumgartenbach etc.) der Dürrach entspringen im Tiroler Karwendelgebirge und entwässern ausschließlich unbewohnte Hochtäler (siehe Karte oben). Sie vereinigen sich unterhalb des Pletzbodens (970 m, im Bild unten das dortige Jagdhaus) zur Dürrach (952 m), die das Bächental durchfließt, nach 5 km unterhalb des rechtsseitigen Zuflusses des Kesselbaches nach Bayern übertritt und rund 12 km später bei Fall in den Isar-Stausee Sylvenstein mündet.
Die weniger als 20 km lange Walchen ist der auch Ache, Achen oder Seeache genannte Abfluss des in Tirol gelegenen Achensees (929 m, im Bild unten das Nordufer mit Achenkirch), von dessen Südufer eine Straße über den Mauracher Sattel ins Inntal führt.
Durch östliche Zuflusstäler der Seeache führt über die Oberbergalm ebenfalls eine Straße ins Inngebiet. Vor der Einmündung in den Sylvensteinstausee durchfließt sie die Walchenklamm (im Bild unten).
Nach dem Sylvensteinstausee passiert die gänzlich in die Bayerischen Voralpen eingetretene Isar den bayerischen Luftkurort Lenggries (679 m) und die Bezirkshauptstadt Bad Tölz (658 m) und erreicht nach 45 km die Kleinstadt Wolfratshausen, nach der ihr von links die die Ammergauer Alpen von den Bayerischen Voralpen trennende Loisach zufließt (565 m).
Die 114 km lange Loisach entspringt im österreichischen Bundesland Tirol im Außerfern an der Nordauffahrt des Fernpasses (Übergang ins Inntal) auf über 1.000 m Seehöhe.
Als Grenze zwischen dem Wettersteingebirge im Osten und den Lechtaler Alpen erreicht sie das Lermooser Moos (siehe Bild unten), in dem ihr zwischen Lermoos und Ehrwald von Westen der die Lechtaler Alpen von den Ammergauer Alpen trennende Lussbach zufließt (963 m, siehe Karte oben), der den Ostteil der Talfurche Zwischentoren entwässert, durch die über die Talwasserscheide Lähn die Hauptverkehrsrouten nach Reutte und ins Lechgebiet verlaufen.
Die Loisach, – nunmehr Grenze zwischen den Ammergauer Alpen (linkes Ufer) und dem Wettersteingebirge geworden -, passiert in Westrichtung das südlich gelegene Zugspitzmassiv, verlässt allmählich in Nordostrichtung drehend nach 10 km vor der bayerischen Ortschaft Griesen Österreich (im Bild unten der dortige Straßengrenzübergang Ehrwald-Griesen) und tritt nach Bayern über.
Die Loisach passiert Garmisch-Partenkirchen, wo ihr die das Wettersteingebirge von den Bayerischen Voralpen trennende Partnach von rechts zufließt (690 m) und sie zur Grenze zwischen den Bayerischen Voralpen (rechtes Ufer) und den Ammergauer Alpen wird. Bei Murnau geht sie ins Alpenvorland über, durchfließt den Kochelsee (600 m) und erreicht in Nordrichtung fließend über Kaufbeuren und Penzberg nach 45 km nördlich von Wolfratshausen die Isar in der Puppinger Au (Bild unten).
Die ab der Loisacheinmündung die Voralpengebiete von Ammergauer Alpen (linkes Ufer) und Bayerischen Voralpen trennende Isar erreicht nach 30 km die bayerische Landeshauptstadt München (518 m), verlässt diese in Nordostrichtung, passiert die Universitätsstadt Freising (448 m) und die Kleinstadt Moosburg, in der ihr von links die Amper zufließt (407 m), die südlich von Oberammergau als Ammer entspringt, die Linder aufnimmt und in den Ammersee mündet, diesen als Amper verlässt und nach 185 km in die Isar mündet (im Bild unten).
Die Quellbäche der Linder (Fischbach und Neualmbach), die sich am Ostfuß des innerhalb Österreichs im Außerfern gelegenen Ammersattels (Übergang ins Lechgebiet, im Bild unten) vereinigen, sind teilweise Grenzbäche zu Österreich und führen somit der Linder, die über Ammer, Ammersee und Amper die Isar erreicht, ebenfalls aus österreichischem Alpengebiet stammendes Wasser zu.
Nach Moosburg fließt die Isar innerhalb Niederbayerns weiter in Nordostrichtung, passiert die Städte Landshut (393 m) und Dingolfing (365 m) und mündet nach rund 100 km in die Donau.
Die weiterhin in Südostrichtung fließende Donau erreicht fast 40 km unterhalb der Isarmündung die Stadt Vilshofen, wo ihr von rechts die in ihrem Unterlauf das Voralpengebiet von der Böhmischen Masse trennende und somit die Alpengebietsgrenze bildende Vils zufließt (297 m, Stkm 2.249 m, im Bild unten).
Die Donau verlässt das Alpengebiet, bricht ins Gebiet der Böhmischen Masse den Bayerischen Wald vom Neuburger Wald (rechtes Ufer) trennend ein und erreicht, – nachdem sie bei Stkm 2.234 von der Autobahn A 3 gequert worden ist -, die „Drei-Flüsse-Stadt“ Passau, in der ihr von Norden die an der Kontinentalwasserscheide im Bayerischen Wald innerhalb Bayerns entsprungene über 60 km lange Ilz zufließt.
Nur 300 m unterhalb der Ilzmündung (im Bild oben) erreicht von Süden der Inn die Donau (291 m, Stkm 2.225), der rund 10 km vor seiner Mündung das Alpengebiet verlassen hat und ebenfalls in die Böhmische Masse eingedrungen ist. Der Inn führt der Donau erstmals vom Alpenhauptkamm stammendes Wasser zu (siehe Inn-Gebiet).
