Die in folgender Verlaufsbeschreibung vergrößert und fett hervorgehobenen Verkehrsübergänge bzw. Passhöhen liegen innerhalb des österreichischen Teiles des Einzugsgebietes des Lech.
Die Quellen des Lech liegen im österreichischen Bundesland Vorarlberg im Lechquellengebirge auf rund 1.840 m Seehöhe südlich der Roten Wand (2.704 m) an der Kontinentalwasserscheide.
Der Lech entsteht aus seinen zwei Quellbächen Formarinbach (Quelle nahe dem Formarinsee, im Bild unten) und Spullerbach (Abfluss des Spullersees, siehe Karte oben), die sich nahe dem Unteren Älpele (1.562 m) zwischen dem Formarinsee und Zug vereinigen.
Im 3 km östlich von Zug gelegenen Fremdenverkehrszentrum Lech am Arlberg (1.444 m) fließt ihm von Süden der die Lechtaler Alpen vom Lechquellengebirge trennende Zürserbach zu, durch dessen Tal eine Straße über den Flexenpass zur Westauffahrt zum Arlberg und somit ins Einzugsgebiet des Rheins führt.
Bis zur 12 km nördlich unterhalb der Ortschaft Warth (im Bild unten) gelegenen linksseitigen Einmündung des das Lechquellengebirge von den Allgäuer Alpen trennenden Krumbaches (1.200 m), durch dessen Tal eine über den Hochtannbergpass ins Tal der Bregenzer Ach führende Straße verläuft, bildet das Lechtal die Grenze zwischen Lechquellengebirge (in der Karte oben gelb hervorgehoben) und Lechtaler Alpen.
Nach Zufluss des Krumbaches überschreitet der Lech die Grenze zum Bundesland Tirol und durchfließt, – die Allgäuer Alpen im Norden von den Lechtaler Alpen im Süden trennend -, bis Reutte das 60 km lange Tiroler Lechtal.
Aus den Allgäuer Alpen fließen ihm vorerst nur unbewohnte Täler entwässernde Kleinbäche zu. Von Süden erreichen ihm bei Dickenau der Kaiserbach, bei Stockau (1.070 m) der Sulzbach, bei Bach (1.062 m) der Alperschonbach und bei Häselgehr (1.006 m) der Gramaiser Bach, an dessen Talschluss die Ortschaft Gramais (1.321 m), die kleinste Gemeinde Österreichs liegt (54 Ew. am 1.Jänner 2012, im Bild unten).
Vor der nur mehr 25 km von Reutte entfernten Ortschaft Elmen (976 m) mündet von Süden der Streimbach ein (im Bild unten), durch dessen Tal eine Straßenverbindung über das Hahntennjoch ins Inngebiet führt.
In der rund 4 km flussabwärts von Elmen gelegenen Ortschaft Vorderhornbach (974 m, im Bild unten) mündet von links das vom gleichnamigen Bach durchflossene Hornbachtal, in dem die Ortschaft Hinterhornbach (1.100 m) liegt, ins Lechtal. Kaum 2 km weiter unterhalb erreicht in Stanzach von rechts der Namlosbach den Lech, durch dessen Tal eine Straße über den Namlospass und das Rotlechtal in den Westteil der Talfurche Zwischentoren führt.
Dem in Nordostrichtung drehenden Lech fließen nach 5 km bei Forchiach (910 m) von Westen die von der Ostseite der Leilachspitze (2.274 m) abfließenden Gewässer Lehbach, Schwarzwasserbach und Stuibenbach-, und nach weiteren 5 km bei Weißenbach am Lech (885 m) von Osten der 20 km lange Rotlech zu, von dessen obersten Talabschnitt eine Straßenverbindung über den Namlospass ins Namlostal und über den Berwangsattel ins Zwischentoren besteht.
Gegenüber der Rotlechmündung erreicht der den Ostteil des Tannheimer Tales entwässernde Weißenbach den Lech, durch dessen Tal eine Straße über den Talpass Nesselwängle ins westliche Tannheimer Tal und somit ins Einzugsgebiet der Vils führt.
Der Lech erreicht knapp 5 km flussabwärts von Weißenbach den Reuttener Talkessel, in dem die Bezirkshauptstadt Reutte liegt, an deren Südrand von Osten der von der die Lechtaler Alpen von den Ammergauer Alpen trennenden Ehrenberger Klause kommende Klausebach einmündet.
Der Lech passiert, – nunmehr die Allgäuer Alpen (linkes Ufer) von den Ammergauer Alpen trennend -, das Stadtgebiet von Reutte im Westen und es mündet in der 3 km nördlich von Reutte gelegenen Ortschaft Pflach der auch Planseeache genannte 7 km lange Archbach von Osten ein (840 m).
Dieser die Stuibenfälle passierende rechtsseitige Lechzufluss ist der Abfluss des Plansees, in den der vom Ammersattel (Übergang ins Isargebiet) kommende Torsäulenbach einmündet, und der durch einen kleinen Kanal mit dem Heiterwangersee verbunden ist (im Bild unten der Plansee im Hintergrund), von dessen Zuflusstälern Verkehrswege über die Ehrenberger Klause und den Berwangsattel ins obere Lechtal und über die Talwasserscheide Lähn ins Isargebiet führen.
Weniger als 10 km weiter nördlich überschreitet der Lech bei der Ortschaft Pinswang (Grenzübergang Pinswang/Ulrichsbrücke-Füssen) die Staatsgrenze zu Deutschland. Nur 400 m vor dem Grenzübertritt mündet von Westen die Vils ein (820 m).
Die 36 km lange Vils entsteht im Tiroler Teil der Allgäuer Alpen aus zahlreichen kleinen Zuflüssen des Vilsalpsees (1.165 m, im Bild unten mit dem Aggenstein im Hintergrund), dessen einziger Abfluss sie ist.
In Nordrichtung fällt sie ins westliche Tannheimer Tal ab und erreicht dieses bei Tannheim (1.097 m), wo von Osten die rund 6 km lange Berger Ache einmündet, die aus dem westlich des Talpasses Nesselwängle (Übergang ins Lechtal) gelegenen Haldensee abfließt.
In der unterhalb des 73 ha großen Haldensees (im Bild unten) gelegenen Ortschaft Grän fließt der auch Gessebach genannten Berger Ache von Norden der Logbach zu, dessen rechter Zufluss Lumberger Runse vom Übergang Enge kommt.
Die Vils durchfließt ab Tannheim in Westrichtung das Tannheimer Tal, bis sie nach 6 km bei Schattwald in Nordrichtung dreht, den Ostfuß des Oberjochpasses passiert und in einen schluchtartigen verkehrsweglosen Talabschnitt einfließt.
Die Vils stürzt unterhalb von Schattwald in Nordrichtung über den Vilsfall (im Bild unten), in ein unbewohntes Tal, in dem sie nach der Kälberhofalpe (960 m) die Staatsgrenze zu Deutschland überschreitet und in Ostrichtung drehend die bayerische Gemeinde Pfronten erreicht, nach der ihr von Süden der Steinacher Achen zufließt, aus dessen Quellgebiet eine Straße über die Passhöhe Enge ins Tannheimer Tal führt.
Beim südlichen Zufluss des Grenzbaches Reichenbach unterhalb der Ortschaft Steinach kehrt die Vils nach Österreich (Tirol) zurück, durchfließt nach dem Grenzübergang Schönbichl/Vils-Pfronten/Steinach die Kleinstadt Vils (im Bild unten) und mündet in den Lech.
Unmittelbar nach dem Grenzübertritt passiert der Lech in Ostrichtung den Lechfall (im Bild unten) im Süden der Stadt Füssen (808 m), dreht in Nordrichtung, passiert Lechbruck am See (737 m), tritt bei Schongau am Lech (726 m) ins Alpenvorland über, passiert die Kreisstadt Landsberg am Lech (587 m), durchfließt die Ebene des historischen Lechfeldes und erreicht die Stadt Augsburg, in deren nördlichem Stadtgebiet sein größter Nebenfluss, die Wertach von links einmündet (461 m).
Die 151 km lange Wertach (siehe deren Flussverlauf und Einzugsgebiet in der Karte unten) entsteht im südöstlichen Oberallgäu auf über 1.000 m Seehöhe nahe der Grenze zu Österreich durch den Zusammenfluss des Kaltenbrunnenbaches und des Eggbaches, dessen Quellen an der Westauffahrt zum Oberjochpass auf halber Strecke zwischen Oberjoch und Unterjoch liegen.
Auf ihrem weiteren Weg zum 9 km flussabwärts gelegenen Markt Wertach (915 m) wird sie in diesem Abschnitt im Bereich der östlich gelegenen österreichischen Exklave Jungholz für rund 1,5 km zum Grenzfluss zwischen Österreich und Deutschland und es fließt ihr dort (neben anderen kleinen Bächen) von rechts der aus Jungholz (im Bild unten) kommende Mühlbach zu.
Der dortige Grenzübergang Jungholz-Wertach ist die einzige Verkehrsverbindung in die zum Tiroler Bezirk Reutte gehörende 7 km² große auf über 1.000 m Seehöhe gelegene Talschaft des Gemeindegebietes von Jungholz. Wie auch das Kleine Walsertal ist Jungholz eine funktionelle Exklave und ihr Gebiet (im Bild unten), das seit 1342 zu Tirol gehört (ausgenommen die Zeit zwischen 1938 und 1945) und von den rund 300 Einwohnern (davon fast 50 % deutsche Staatsbürger) als ein Stück Tirol im Allgäu bezeichnet wird, ist seit 1868 deutsches Zollanschlussgebiet.
Während vom Kleinen Walsertal mehrere Bergpfade nach „Restösterreich“ führen und diese Routen jedenfalls im Sommer relativ problemlos als Bergwanderungen bewältigbar sind, ist dies bei Jungholz nicht so einfach möglich. Obgleich das annähernd kreisförmige Gemeindegebiet sich zwar in deutlich niedrigeren Höhenlagen erstreckt, ist es jedoch fast gänzlich nur von Bayern umgeben. Der Staatsgrenzenverlauf verengt dieses Gebiet im Süden flaschenhalsähnlich zu einem rund 60 m breiten Korridor, in dem der Gipfel des 1.635 m hohen Sorgschrofens liegt (siehe Karte unten).
Hat man den Ehrgeiz, von Jungholz ins Tiroler Vilstal und somit nach „Restösterreich“ zu gelangen, ohne einen Schritt auf deutsches Staatsgebiet zu setzen, so ist die Gipfelregion des Sorgschrofens von Jungholz aus über dessen Nordabhang und der Abstieg in der Südwand (im Bild unten) jedenfalls im oberen Abschnitt in der Diretissima zu bezwingen, wofür entsprechend hochalpine Ausrüstung erforderlich ist und auch Grundfertigkeiten im Freeclimbing von Vorteil wären.
Nach dem Markt Wertach durchfließt die Wertach den Grüntensee (876 m), passiert u. a. Nesselwang (867 m) und die Kreisfreie Stadt Kaufbeuren (678 m), begrenzt das Lechfeld im Westen, erreicht die Stadt Augsburg im südlichen Stadtteil Inningen und mündet im nördlichen Stadtgebiet in den Lech, der seinerseits 40 km weiter nördlich die Donau erreicht.
Die Donau hält auch nach der Lecheinmündung die grundsätzliche Nordostrichtung ein und bildet weiterhin die Nordgrenze des Alpengebietes (Ammergauer Alpen) zum Juragebirgsstock der Fränkischen Alb. Sie passiert die Industriestadt Ingolstadt, an deren Ostrand sie von der Autobahn A 9 (München-Berlin) gequert wird (365 m, Stkm 2.455) und es mündet unterhalb von Vohburg der 134 km lange Voralpenfluss Paar (354 m, Stkm 2.442) und bei Eining (340 m, Stkm 2.427) der 53 km lange Abens von Süden ein.
Bei Kelheim zweigt der Main-Donau-Kanal (im Bild unten bei Altmühl) in Nordrichtung ab (Stkm 2.412) und die Donau wird zu einer frequentierten Wasserstraße und passiert bei Bad Abbach das gleichnamige Laufkraftwerk (338 m, Stkm 2.397).
Bis zur westlich von Regensburg unterhalb der Querung durch die Autobahn A 3 (Passau-Nürnberg) gelegenen nordseitigen Einmündung der 165 km langen im Unterlauf die Frankenalb vom Bayerischem Wald trennenden Naab (326 m, Stkm 2.385), deren Quellen an der Kontinentalwasserscheide im Fichtelgebirge und (teils in Tschechien) im Oberpfälzer Wald liegen, münden von beiden Seiten nur kleine Wasserläufe in die Donau.
Bei der Staustufe des Kraftwerks Regensburg (333 m, Stkm 2.380) wird die Donau von der Autobahn A 93 (München-Hof) gequert. Bei der linksseitigen Einmündung des aus dem Böhmerwald kommenden 169 km langen Regen (Quellen an der Kontinentalwasserscheide und teilweise in Tschechien) im Stadtgebiet von Regensburg (325 m, Stkm 2.379, im Bild unten) hat die Donau den nördlichsten Punkt ihres Flusslaufes erreicht und dreht in Südostrichtung. Ihr rechtes Ufer begrenzt dort den nördlichsten Teil des gesamten Alpengebietes.
Nunmehr die Südgrenze des der Böhmischen Masse zuzuordnenden Bayerischen Waldes bildend passiert die Donau bei Donaustauf den vom Bayerischen König Ludwig I. erbauten Monumentalbau Walhalla, Ruhmeshalle für die Deutschen (im Bild unten, Stkm 2.368) und wird bei der Ortschaft Wörth neuerlich von der A 3 (Nürnberg-Passau) gequert (Stkm 2.358).
Kurz vor der Stadt Straubing mündet der 75 km lange Voralpenfluss Große Laaber von rechts in einen Südarm der Donau (315 m, Stkm 2.324), während der Hauptstrom im Stadtgebiet vom Laufkraftwerk Straubing aufgestaut wird (Stauhöhe 320 m, Stkm 2.321).
Nachdem die Donau oberhalb von Deggendorf bei Metten (Stkm 2.290) wieder von der A 3, unmittelbar vor Deggendorf von der A 92 (Deggendorf-Landshut, Stkm 2.286) und unterhalb von Deggendorf bei Deggenau (Stkm 2.283) neuerlich von der A 3 (Nürnberg-Passau) gequert worden ist, mündet von rechts die Isar ein (310 m, Stkm 2.282) und führt ihr abermals aus österreichischem (Tiroler) Alpengebieten stammendes Wasser zu (siehe Kapitel Isar-Gebiet).