Die in folgender Verlaufsbeschreibung vergrößert und fett hervorgehobenen Verkehrsübergänge bzw. Passhöhen liegen innerhalb des Einzugsgebietes der Traisen.
Als Quellbach der Traisen gilt der Traisenbach, ein Quellfluss der Türnitzer Traisen, der in Niederösterreich in den Türnitzer Alpen an den Nordhängen der St. Aegyder Bürgeralpe (1.082 m) zwischen Höllmauer und Paulmauer (1.248 m) auf fast 900 m Seehöhe entspringt, auf seinem Weg (in Nordnordwestrichtung) durch ein kaum bewohntes Tal Fischbach, Gurgelbach, Prüstbach usw. aufnimmt, die Streusiedlung Türnitzrotte passiert (504 m) und danach von links den Retzbach aufnimmt (483 m), dessen linker Zufluss Falkenbach das beliebte Ausflugsziel der Falkenschlucht (im Bild unten) durchfließt.
Der Traisenbach erreicht Türnitz (466 m) und vereinigt sich dort mit der vom Annaberg (Übergang ins Erlaufgebiet) aus Südwestrichtung kommenden 12 km langen Türnitz, der kurz vorher noch von Nordwesten der Steinbach zugeflossen ist, durch dessen Tal eine Straße über das Türnitzer Gscheid nach Schwarzenbach an der Pielach führt, zur Türnitzer Traisen.
Die Türnitzer Traisen durchfließt in der Folge ein eher enges Tal, in dem sie von rechts Schwarzbach, Weißenbach, Klammbach, Moosbach und Kräuterbach -, sowie von links Stelzenbach und Torbach aufnimmt, die Ortschaft Lehenrotte (415 m) passiert (im Bild unten) und sich nach 10 km in der Ortschaft Freiland (402 m) mit der von Südosten kommenden, dort die Türnitzer Alpen von den Gutensteiner Alpen trennende Unrechttraisen zur Traisen vereinigt.
Die fast 25 km lange Unrechttraisen entspringt ebenfalls in den Türnitzer Alpen westlich der Ortschaft St. Aegyd am Neuwalde auf über 900 m Seehöhe. Vorerst in Ostrichtung entlang der Südabhänge des Traisenberges (1.230 m) durchfließt sie ein 5 km langes nur durch Einzelgehöfte besiedeltes Engtal, bis ihr in der Ortschaft St. Aegyd am Neuwalde (588 m) von Süden der vom Kernhofer Gscheid (Übergang ins Salzatal und somit ins Ennsgebiet) kommende, die Türnitzer Alpen von den östlich gelegenen Mürzsteger Alpen trennende Keerbach zufließt (580 m), dessen rechte Zuflussbäche (Schindlergraben, Ahorngraben, Gippelgraben) am Alpenhauptkamm zwischen Göller und Gippel und somit an der Hauptwasserscheide der Alpen entspringen, wodurch die Traisen der dritte (nach Inn und Enns) und letzte Fluss ist, der der Donau aus dem Äußeren Alpenbogen von jenem Teil des Alpenhauptkamms stammendes Wasser zuführt, der gleichzeitig auch die Alpenhauptwasserscheide bildet (das südöstlich benachbarte ebenfalls am Alpenhauptkamm gelegene Einzugsgebiet der Leitha berührt diesen Teil der Kammlinie nur punktuell an der Ostflanke des Gippel).
Als Grenze zwischen den Türnitzer Alpen (linkes Ufer) und den Mürzsteger Alpen durchfließt die Unrechttraisen das Ortsgebiet von St. Aegyd am Neuwalde (im Bild unten), in dem ihr von rechts der Weißenbach zufließt (565 m), von dessen Quellbächen nur der Westlichste (Holzhofergraben) noch an den Nordabhängen des die Alpenhauptwasserscheide (Traisen/Drau) bildenden Abschnitts des Alpenhauptkammes entspringt; die anderen (östlicheren) Quellbäche des Weißenbaches entspringen an den Nordflanken der Gippelmauer, des Schwarzauer Gippels und des Preineckkogels (Traisen/Leitha) und somit am Geographischen Alpenhauptkamm.
Am östlichen Ortsende von St. Aegyd am Neuwalde fließt im Ortsteil Kroatendorf (563 m) der allmählich in Nordrichtung drehenden Unrechttraisen von Osten der die Mürzsteger Alpen von den Gutensteiner Alpen trennende Seebach zu (555 m) und die Unrechttraisen bildet ab dort die Grenze zwischen den Gutensteiner Alpen (rechtes Ufer) und den Türnitzer Alpen.
Nach östlichem Zufluss des Mitterbaches beim Weiler In der Walk (544 m) verlässt eine Straße in Ostrichtung das Tal der Unrechttraisen und führt über den Ochsattel ins Schwarzatal und somit ins Einzugsgebiet der Leitha.
Nach der Ortschaft Hohenberg (488 m), in deren deren südlichem Ortsteil Hofamt ebenfalls ein Seebach genannter vom Ochsattel kommender Kleinbach von rechts zufließt (495 m), fließt der Unrechttraisen von Osten der Andersbach zu (465 m) und sie passiert unnmittelbar danach die Ortschaft Furthof (466 m, im Bild oben der Bahnhof), nach der sie ein 8 km langes Kerbtal durchfließt, an dessen Talausgang sie sich in der Ortschaft Freiland im Außerfahrerfeld genannten Talkessel mit der Türnitzer Traisen zur Traisen vereinigt (im Bild unten).
Ab der Vereinigung selbst zum Grenzfluss zwischen den Türnitzer Alpen (linkes Ufer) und den Gutensteiner Alpen geworden erreicht die ab dort stets in Nordrichtung fließende Traisen noch vor der 3 km flussabwärts gelegenen Ortschaft Schrambach von Westen der Zögersbach (385 m), und im Ortsgebiet der Schrambach (375 m), durch dessen Tal eine Straße über den Morigrabensattel ins Pielachtal führt.
Weitere 3 km weiter flussabwärts durchfließt die Traisen die Bezirkshauptstadt Lilienfeld (im Bild unten das Zisterzienserstift Lilienfeld) in der von links das Jungherrntal und von rechts das Stille Tal und das Hölltal einmünden, durch das eine Stichstraße (Hölltaler Höhenstraße) bis zu der an der Ostschulter des Muckenkogels (1.248 m) gelegenen Klosterebenkapelle (677 m) hinauf führt.
In der weitere 3 km flussabwärts gelegenen Industriestadt Traisen (356 m) mündet von Westen der Reisenbach ein, durch dessen Tal eine Straße über Inzenreith ins Steubachtal verläuft. Am nördlichen Stadtrand von Traisen mündet von Osten die die Gutensteiner Alpen vom Wienerwald trennende Gölsen in die Traisen.
Die 15 km lange Gölsen entsteht aus dem Zusammenfluss von Fliederbach (von dessen Talschluss über die Klammhöhe Straßen ins Laabenbachtal und ins Triestingtal führen) und dem am Westabhang des Gerichtsberges (Übergang ins Triestingtal) entsprungenen Gerstbaches am Ostrand der Stadt Hainfeld und es trennt ab dort ihr Flusslauf den Wienerwald im Norden von den Gutensteiner Alpen im Süden.
Im Stadtgebiet von Hainfeld fließt der Gölsen der auch Innere Gölsen genannte Ramsaubach (im Bild unten) zu (420 m), aus dessen Tal eine Straße über das Dürrholzer Kreuz ins westlich benachbarte Halbachtal führt.
Nur 2 km westlich von Hainfeld mündet von Norden der Durlasbach in die Gölsen (390 m), durch dessen Tal eine Straße über die Passhöhe Durlaß nach Michelbach ins Einzugsgebiet der Perschling führt.
In der weitere 2,5 km flussabwärts gelegenen Ortschaft Rainfeld (im Bild unten) mündet von Süden der 19 km lange Halbach in die Gölsen (380 m), aus dessen Tal Straßen über das Dürrholzer Kreuz ins Ramsaubachtal und über die in der Kette des Geographischen Alpenhauptkamms gelegene Passhöhe Halbachgscheid (Schwarze Kuchl) ins Schwarzatal und somit ins Leithagebiet führen.
Unterhalb der Halbachmündung erreichen im Gemeindegebiet von St. Veit an der Gölsen (369 m, im Bild unten) von Süden Pfenningbach, Wobach und Brillengraben -, und von Norden der Kerschenbach die Gölsen. Schließlich erreichen die Gölsen noch rund 3 km vor ihrer Traiseneinmündung von rechts der Schwarzenbach und von Süden der Wiesenbach (357 m).
Ab der Gölsenmündung zur Grenze zwischen dem Wienerwald (rechtes Ufer) und den Türnitzer Alpen geworden erreicht die Traisen nach 3 km die Ortschaft Rotheau (340 m), bei der ihr von Westen der Steubach zufließt (340 m), aus dessen Tal Straßen über Inzenreith nach Traisen, sowie über die Übergänge Geiseben und Meiselhöhe ins Pielachtal führen.
Nach Göblasbruck (332 m), wo von links der Kendlgraben einmündet, erreicht die Traisen den Südrand der Stadt Wilhelmsburg (im Bild unten die Nordansicht), wo von Westen der Grubtalbach einmündet, aus dessen Tal über das Schindeleck ebenfalls eine Straße ins Pielachtal führt.
Nach der Stadt Wilhelmsburg (321 m) durchfließt die Traisen die Ebene des Steinfeldes und erreicht bei Spratzern (289 m) den südlichen Stadtrand der niederösterreichischen Landeshauptstadt St. Pölten (271 m), durchfließt das Stadtgebiet (im Bild unten), wird dort von der Westautobahn A 1 sowie der Westbahn gequert und wird am nördlichen Stadtrand zur Alpengebietsgrenze zwischen dem Dunkelsteinerwald (linkes Ufer) und dem Wienerwald.
Nördlich von St. Pölten passiert die Traisen die Stadt Herzogenburg (229 m, im Bild unten das dortige Augustiner-Chorherren-Stift), in der ihr von Osten der Mühlbach zufließt, durch dessen Tal die Kleine Barockstraße über das Lorenzikreuz in die am Bärndorfer Graben gelegene Ortschaft Sitzendorf-Reidling verläuft, verlässt nach Traismauer (197 m) gänzlich das Alpengebiet und tritt in die Ebene des Tullnerfeldes ein, in der sie vom Donaudamm in Ostrichtung abgedrängt wird und erst unterhalb der Staustufe Altenwörth in die Donau mündet.
Knapp unterhalb der Traisenmündung erreicht nach dem Kleinbach Theißerin (Stkm 1.977) neben einem nie in Betrieb gegangenen Atomkraftwerk auch der Bärndorfer Graben, aus dessen Tal die Kleine Barockstraße über das Lorenzikreuz ins untere Traisental führt, die Donau (Stkm 1.976).
Die Donau passiert danach die Ortschaft Zwentendorf (185 m, Stkm 1.975), nach der ihr beim Weiler Kleinschönbichl von Süden die Perschling zufließt (184 m, Stkm 1.972, siehe Perschling-Gebiet).
