Die in folgender Verlaufsbeschreibung vergrößert und fett hervorgehobenen Verkehrsübergänge bzw. Passhöhen liegen innerhalb des Einzugsgebietes der Bregenzer Ach bzw. kleiner Bodenseezuflüsse.
Die 67 km lange Bregenzer Ach entspringt an der Nordostflanke der Mohnenfluh oberhalb der Ortschaft Schröcken im Lechquellengebirge auf 2.400 m Seehöhe. Kurz nach ihrem Ursprung (im Bild unten mit der Mohnenfluh) erreicht sie die Westauffahrt zum Hochtannbergpass (Übergang ins Lechtal).
Unterhalb von Schröcken (1.289 m) fließt die Bregenzer Ach als Grenze zwischen den Allgäuer Alpen (rechtes Ufer) und dem Lechquellengebirge in Nordwestrichtung, bis ihr nach 12 km nach der Ortschaft Schoppernau (858 m, im Bild unten) von Norden der die Allgäuer Alpen vom Bregenzerwald trennende Rehmer Bach und knapp 1,5 km weiter flussabwärts in der Ortschaft Au von Südwesten der die Grenze Lechquellengebirge/Bregenzerwald bildende 7 km lange Argenbach zufließen, von dessen Quellgebiet über das Faschinajoch und das Furkajoch Straßen ins Große Walsertal und ins Laternsertal führen.
Ab Au innerhalb des Bregenzerwaldes erreicht die weiterhin in Grundrichtung Nordwest fließende Bregenzer Ach nach 4 km die nahe der rechtsseitigen Einmündung des Gießenbaches gelegene Ortschaft Schnepfau (734 m), von wo eine Nebenstraße über das Schnepfegg nach Bizau führt.
Die Bregenzer Ach erreicht nach 4,5 km Mellau (688 m, im Bild unten), wo von links der 11,5 km lange Mellenbach einmündet (676 m, siehe Karte oben), und nach weiteren 4 km Reuthe (650 m), wo von rechts der 10,5 km lange Bizauer Bach einmündet, aus dessen Tal eine Straße über das Schnepfegg nach Schnepfau führt. Von dieser zweigt in Bizau eine Nebenstraße ab, die über das Vordere Hänslervorsäss ins Schönenbachtal führt.
Kaum 2 km nach Reuthe passiert die Bregenzer Ach Bezau, den Hauptort des Bregenzerwaldes, an dessen Westrand von rechts der Grebenbach einmündet (625 m).
Ab Bezau wird die Bregenzer Ach von der ursprünglich nach Bregenz führenden 35 km langen Bregenzerwaldbahn (Wälderbähnle) begleitet, die heute nur mehr als Museumsbahn in Betrieb ist und 5 km unterhalb von Bezau in Schwarzenberg, von wo über das Bödele eine Straßenverbindung nach Dornbirn besteht, endet.
Nach der Auffahrt nach Schwarzenberg (im Bild unten) passiert die Bregenzer Ach die am rechten Talrand gelegene Ortschaft Andelsbuch, nach der von links der vom Losenpass kommende gleichnamige Bach zufließt, und erreicht die Ortschaft Egg (561 m), von der eine Straße in Südwestrichtung ebenfalls nach Schwarzenberg-, und eine weitere Straße in Nordwestrichtung über Alberschwende ins Schwarzachtal führen.
Unterhalb von Egg, wo auch der fast 10 km lange Schmittenbach von rechts einmündet, in dessen Talschluss das kleine Schigebiet Schetteregg liegt, mündet nach 1 km von rechts die die Allgäuer Alpen vom Bregenzerwald trennende 25 km lange Subersach ein (501,5 m), aus deren Tal (im Bild unten bei Schönenbach) über den Sausteig, Hittisau und Langenegg Straßen ins Bolgenachtal führen. Vom Talschluss ihres linken Nebenflusses Schönebach führt eine Straße über den Übergang Vordere Hänslervorsäss nach Bizau.
Unterhalb der Subersachmündung durchfließt die wieder die Grenze zwischen Allgäuer Alpen (rechtes Ufer) und Bregenzerwald bildende Bregenzer Ach bis Kennelbach ein schluchtartiges über 20 km langes Engtal, in dem ihr gegenüber der Einmündung des von Alberschwende abfließenden Fallbaches von rechts nach rund 10 km die Weißach (465 m), nach weiteren 4 km die Rotach (460 m) und kurz vor Kennelbach der Rickenbach (441 m) zufließen.
Die 32 km lange Weißach entspringt in Deutschland südwestlich von Immenstadt auf 1.430 m Seehöhe, durchfließt in Westrichtung das Ehrenschwangertal bis Weißach, einem südlichen Vorort von Oberstaufen, dreht in Südwestrichtung, wird bei der bayerischen Grenzortschaft Aach im Allgäu zum Grenzfluss Österreich/Deutschland (linkes Ufer) und es mündet von Norden der Eibelebach ein, dem kurz vorher von Westen der aus Österreich kommende Müselbach von rechts zugeflossen , aus dessen Tal eine Straße über den Sulzberg ins Rotachtal führt.
Rund 5 km nach linksseitigem Zufluss des Grenzbaches Littenbach oberhalb der Gschwendmühlbrücke (im Bild oben) und dem gänzlichen Übertritt auf österreichisches Staatsgebiet fließt der Weißach von Osten die 29 km lange Bolgenach (im Bild unten bei Hittisau) zu, die ebenfalls in Deutschland, und zwar am Riedbergerhorn auf 1.340 m Seehöhe entspringt, die Westauffahrt des Riedbergpasses begleitend Balderschwang (1.044 m) passiert, bei Lappach nach Österreich übertritt (1.003 m), das Balderschwanger Tal durchfließt und schließlich unterhalb des Sulzberges die Weißach erreicht (574 m). Aus dem Tal der Bolgenach führen über den Sausteig, Hittisau und Langenegg Straßen ins südlich benachbarte Subersachtal.
Nach Zufluss der Bolgenach passiert die Weißach die am rechten Talrand gelegene Ortschaft Doren und mündet nach 6 km in die Bregenzer Ach.
Die 17 km lange Rotach entspringt in Deutschland im Gemeindegebiet von Scheidegg auf 764 m Seehöhe. Sie entsteht durch Zusammenfluss mehrerer Quellbäche und heißt ab dem Zusammenfluss von Mühlbach und Angerbach (im Bild unten) in der Gemeinde Weiler-Simmerberg Rotach, die bei der rechtsseitigen Einmündung des Kesselbaches, durch dessen obersten Talabschnitt die Pfänderstraße (Übergang zum Bodensee) verläuft, nach Österreich übertritt (545 m).
Die Rotach passiert sodann die Ortschaft Eschau, von der eine Straße über den Sulzberg ins Weißachtal führt, und stürzt danach durch eine Schlucht zur Bregenzer Ach hinunter.
Nach Zufluss des an den Ostabhängen des Pfänders entsprungenen Rickenbaches, dessen oberster Talabschnitt ebenfalls von der Pfänderstraße (Übergang zum Bodensee) berührt wird und von dessen unteren Talabschnitt eine Straße über Fluh direkt ins Stadtgebiet von Bregenz führt, tritt die Bregenzer Ach (im Bild unten der Unterlauf) in die Rheintalebene ein und mündet als Gemeindegrenze zwischen Bregenz (rechtes Ufer) und Hard in den Bodensee.
Nördlich der Einmündung der Bregenzer Ach münden nur kleine, von den Westabhängen des Pfänders abfließende Bäche (Thalbach, Tannenbach, Ruggbach) in den Bodensee, durch deren Täler über Fluh und die Pfänderstraße Verkehrswege ins Gebiet der Bregenzer Ach führen. Das Rugbachtal ist über Lutzenreute mit dem Riedbachtal verbunden.
Nördlichster und letzter aus österreichischem Alpengebiet stammendes Wasser führender Bodenseezufluss ist die 33 km lange Leiblach, die auf fast 700 m Seehöhe in Deutschland im Gemeindegebiet von Heimenkirch entspringt. Deren linker (östlicher) Zufluss Riedbach (auch Rickenbach) bildet im Unterlauf die Staatsgrenze zwischen Deutschland und Österreich und mündet bei Burgstall (Gemeinde Sigmarszell) in die Leiblach.
Zwischen Burgstall und ihrer Bodensee-Einmündung bildet dann die Leiblach selbst als Westgrenze der österreichischen Gemeinden Hohenweiler (nördlichste Gemeinde Vorarlbergs) und Hörbranz die Staatsgrenze. Die aus den Talschaften der Leiblach-Zuflüsse in benachbarte Täler führenden Übergänge liegen in Bayern. Nur der Übergang Weienried, der die Täler zweier linker Leiblach-Zuflüsse verbindet, liegt innerhalb Vorarlbergs.
Der den Bodensee in Westrichtung durchfließende Rhein verlässt westlich des Rheinspitzes das österreichische Staatsgebiet und fließt aus dem Obersee über den Seerhein in den 30 cm tiefer gelegenen Untersee genannten Südwestteil des Bodensees.
Die Osthälfte des Seerheins quert das Stadtgebiet der deutschen Stadt Konstanz, deren südliche Stadtteile samt Altstadt am Südufer des Bodensees (und somit im Westalpengebiet) liegen. Durch die Westhäfte des Seerheins und durch den Untersee verläuft die Staatsgrenze zwischen der Schweiz (Kanton Thurgau) und Deutschland (Bundesland Baden-Württemberg).
Der Rhein fließt als Hochrhein bei der Schweizer Stadt Stein am Rhein aus dem Untersee ab, quert kurz den Kanton Schaffhausen, erreicht danach teils als Staatsgrenze, teils als innerschweizer Kantonsgrenze (rechtes Ufer Schaffhausen; linkes Ufer Thurgau und später Zürich) die Kantonshauptstadt Schaffhausen, begrenzt ab dort das Juragebirge (rechtes Ufer) und wird somit zur Alpengebietsgrenze, passiert die Rheinfälle (im Bild unten), fließt ein kurzes Stück über Gebiete des Kantons Zürich, nimmt, – wieder zur Staatsgrenze geworden -, von links die Glatt auf und verlässt unmittelbar danach das Alpengebiet.
Es endet sodann am linken (Schweizer) Ufer der Kanton Zürich und es beginnt der Kanton Aargau, in dem den Rhein mit dem Zufluss des größten Rheinzuflusses Aare bei Koblenz zum letzten Mal aus Alpingebieten stammendes Wasser zugeführt wird. Schließlich wird der Hochrhein bei Rheinfelden zum schiffbaren Fluss und sein linkes Ufer tritt vom Kanton Aarau in den Kanton Basel-Landschaft über. Kurz vor Basel (im Bild unten) tritt der Hochrhein noch einmal gänzlich auf Schweizer Staatsgebiet (Kanton Basel Stadt) über, dreht in Nordrichtung und sein linkes Ufer erreicht die französische Grenze. Er wird für 5 km zum Grenzfluss zwischen der Schweiz (rechtes Ufer) und Frankreich und verlässt sodann als Oberrhein endgültig die Schweiz.
Der weitere Flusslauf des Rheins wird bis zur linksseitigen Einmündung der Nahe bei Bingen Oberrhein genannt, der nach Verlassen des Schweizer Staatsgebietes (242 m) die Staatsgrenze Frankreich/Deutschland (Elsass/Baden-Württemberg) bildet, nach dem gänzlichen Übertritt nach Deutschland vor Karlsruhe zur Landesgrenze Rheinland-Pfalz (linkes Ufer) und Baden-Württemberg -, und schließlich 20 km unterhalb der Neckarmündung in Mannheim (95 m) zur Landesgrenze zwischen Rheinland-Pfalz und Hessen (rechtes Ufer) wird. Nach Verlassen des Oberrheingrabens durchfließt der Strom das Mainzer Becken, in dem ihm von rechts der Main zufließt (82 m), und an dessen Nordende bei der Nahemündung (79 m, im Bild unten) der Mittelrhein genannte Flussabschnitt beginnt.
Am Beginn dieses Abschnitts tritt er gänzlich nach Rheinland-Pfalz über, durchbricht die deutschen Mittelgebirgszüge des Rheinischen Schiefergebirges (linkes Ufer: Hunsrück und Eifel; rechtes Ufer: Taunus und Westerwald), nimmt bei Koblenz von links die Mosel auf (59 m), tritt bei Bad Honnef nach Nordrhein-Westfalen über, fließt in die Norddeutsche Tiefebene ein und wird nach der rechtsseitigen Einmündung der Sieg bei Bonn (45 m, im Bild unten) Niederrhein genannt.
Als solcher durchfließt der Strom das Ruhrgebiet und überschreitet bei Emmerich am Rhein (17 m) in Westrichtung drehend die Niederländische Grenze (Provinz Gelderland), unmittelbar nach der die Deltabildung (Teilung in Waal und später Lek genannten Nederrijn) beginnt.
Danach trennt sich der IJssel genannte östlichste Mündungsarm in Nordrichtung vom Nederrijn (siehe Bild unten) und mündet bei Kampen in der Nähe von Zwolle, der Hauptstadt der Provinz Oberijssel, über das Ketelmeer ins Ijsselmeer, das durch den Bau des Abschlussdeiches im Jahr 1932 entstanden ist und vorher ein Teil der Nordseebucht Zuidersee gewesen ist.
Der Waal genannte Hauptmündungsarm des dort auch Deltarhein genannten Flussabschnitts fließt in Westrichtung und mündet als westlichster Mündungsarm gemeinsam mit der Maas an der Provinzgrenze Zuid Holland/Noord Brabant in die Nordseebucht Hollands Deep.
Der Lek genannte mittlere Mündungsarm trennt sich nach Arnheim durch natürliche Bifurkation vom Nederrijn, fließt teilweise als Provinzgrenze Utrecht/Zuid Holland in Westrichtung, vereinigt sich mit dem bei Dordrecht vom Hauptstrom (Waal) in Nordwestrichtung abgezweigten Noord zur Nieuwe Maas, die den Hafen von Rotterdam passiert, sich mit der Oude Maas (einst Mündung der Maas; heute bloß ein Flussarm des Rhein-Maas-Deltas) vereinigt und als Nieuwe Waterweg beim ehemaligen Küstenstädtchen Hoek van Holland, das heute ein Stadtteil von Rotterdam ist, das offene Meer der Nordsee und damit den Atlantischen Ozean erreicht.