Die Abgrenzung des in die Donau entwässernden Deutschen Alpengebietes ergibt sich aus den bisherigen Erörterungen in den Vorkapiteln Lage und Abgrenzung des deutschen Alpengebietes einerseits und Rhein-Gebiet, Abgrenzung und Flusssystem andererseits. Um Wiederholungen zu vermeiden erfolgt hier vor der Beschreibung des Flussverlaufs der Donau bloß eine schlagwortartige Darstellung der Begrenzung des alpinen deutschen Donaueinzugsgebietes:
Ausgehend vom Grenzberg (zu Österreich) Hoher Ifen verläuft die innerdeutsche Einzugsgebietsgrenze der Donau dem im bereits erwähnten Kapitel Rhein-Gebiet, Abgrenzung und Flusssystem detailliert geschilderten Verlauf der Europäischen Hauptwasserscheide (Rhein/Donau) bis zum Übergang Schwackenreute und danach der Ablach abwärts bis zu deren Einmündung in die Donau bei der Stadt Mengen, womit die Alpengebietsgrenze erreicht ist. Sie folgt der Donau abwärts (siehe Vorkapitel Lage und Abgrenzung des deutschen Alpengebietes) bis Vilshofen, verlässt das Donautal, – der Vils und der Wolfach aufwärts folgend -, und erreicht nach Scheuereck und dem Vornbacher Bach abwärts folgend bei der Ortschaft Vornbach den die Staatsgrenze (zu Österreich) bildenden Inn. Ab dort bildet die in diesem Abschnitt mit der Grenze des Deutschen Alpengebietes idente deutsch/österreichische Staatsgrenze zwischen Vornbach am Inn und dem Hohen Ifen die Grenze des alpinen deutschen Donaueinzugsgebietes.
Wie die folgende Flussverlaufsbeschreibung der Donau innerhalb Deutschlands zeigen wird, erreichen alle aus deutschem Alpengebiet stammendes Wasser mit sich führenden Zuflüsse der Donau diese von rechts (Süden), wobei die überwiegende Zahl dieser Zuflüsse im Alpenvorland entspringen, daher nur aus diesem Gebiet stammendes Wasser mit sich führen, relativ kurz sind und ihre Einzugsgebiete zwar durch zahlreiche Verkehrswege verbunden sind, die jedoch meist über namenlose und oft auch kaum wahrnehmbare Übergänge verlaufen. Wie bei der Beschreibung der einzelnen Rheinzuflüsse im Vorkapitel wird auch bei diesen Alpenvorlandflüssen auf detaillierte Beschreibung der Einzugsgebietsgrenzen verzichtet.
Eine solche erfolgt (samt Beschreibung der Verkehrsübergänge) nur bei der Schilderung der vier aus dem Zentralalpengebiet kommenden und auch aus Österreich stammendes Wasser führenden Flüssen (Iller, Lech, Isar und Inn), deren Einzugsgebiete in eigenen Kapiteln dargestellt werden.
Die (inkl. ihres Quellflusses Breg) 2.886 km lange Donau entsteht in Deutschland im Bundesland Baden-Württemberg auf einer Baar genannten, zwischen dem Schwarzwald im Westen und dem Juragebirgszug Schwäbische Alb im Osten gelegenen Hochebene bei der Stadt Donaueschingen (im Bild oben das Schloss). Sie führt ihren Namen ab der auf 672 m Seehöhe gelegenen Vereinigung ihrer im Schwarzwald entsprungenen Quellflüsse, nämlich der 46 km langen Breg (entspringt auf 1.078 m Seehöhe bei Furtwangen) und der 40 km langen Brigach (entspringt auf 940 m Seehöhe im Ortsteil Brigach der Gemeinde St. Georgen im Schwarzwald), der kurz vor dem Zusammenfluss der Donaubach zugeflossen ist, dessen im Park des Schlosses Donaueschingen gelegene Quelle (im Bild unten) als offizielle Donauquelle gilt.
Die Donau verlässt in Ostrichtung die Baar-Hochebene, tritt ins Gebiet der Schwäbischen Alb über, begrenzt südlich den Heuberg, wird nach 15 km bei Geisingen von der Bodenseeautobahn A 81 (Abschnitt Stuttgart-Schweizer Grenze) gequert, passiert die Ortschaften Immendingen und Möhringen, tritt bei der Kreisstadt Tuttlingen (645 m) in den Naturpark Obere Donau (im Bild unten) ein und erreicht nach 12 km die Ortschaft Fridingen.
Zwischen Immendingen und Fridingen geht der Donau ein erheblicher Teil ihres Wassers durch Versickerung verloren. Dabei handelt es sich um eine unterirdische Flussanzapfung.
Das Wasser der Donau versickert an verschiedenen Stellen flächig im Flussbett. Das Donauwasser versinkt in einem Karstwassersysem des Weißen Jura und tritt im Alpenvorland im rund 12 km südlich entfernten Aachtopf, der Quelle der Radolfzeller Aach, wieder aus.
Zwischen den Versickerungsstellen und dem Aachtopf verläuft die Europäische Hauptwasserscheide (Abschnitt Rhein/Donau), die somit vom Donauwasser unterirdisch überwunden wird.
Vom Aachtopf fließt das Donauwasser sodann als Radolfzeller Aach bei Radolfzell in den Bodensee, wodurch ein Teil des Donauwassers auch in den Rhein gelangt. Bei niedrigem Donauwasserstand kommt es an mehreren Tagen im Jahr zur vollständigen Versickerung, wodurch die obere Donau in dieser Zeit de facto zum Rheinzufluss wird und kein Tropfen Wasser des Donauflusssystems oberhalb Fridingens das Schwarze Meer erreicht.
Zwischen Fridingen (626 m) und Sigmaringen (580 m, im Bild unten das Schloss, das von Oktober 1944 bis April 1945 Regierungssitz der französischen Vichy-Regierung unter Marschall Pétain gewesen ist) durchbricht die Donau in einem fast 40 km langen Abschnitt, in dessen Zentrum die Ortschaft Beuron (625 m) liegt, den Heuberg genannten Gebigsstock der Schwäbischen Alb und verlässt danach das Naturparkgebiet. Der am Südufer der Donau gelegene Teil des Heuberges wird auch Badischer Heuberg oder Hegaualb genannt und bildet als südwestlichster Ausläufer der Schwäbischen Alb den Übergang zum Hegau und somit zum Alpenvorland.
In der 12 km flussabwärts von Sigmaringen gelegenen Stadt Mengen (im Bild unten die Stadt und das Donautal) mündet von Südwesten die die Hegaualb südlich begrenzende und somit die Alpengebietsgrenze bildende Ablach ein (550 m) und führt der Donau erstmals aus Alpingebieten (Schwäbisches Alpenvorland) stammendes Wasser zu.
Die 38 km lange Ablach hat ein Einzugsgebiet von 435 km² und entspringt bei Hohenfels auf 670 m Seehöhe an der dort nur schwach angedeuteten Europäischen Kontinentalwasserscheide bei der Schwackenreuter Seenplatte, über die beim Ortsteil Schwackenreute der Gemeinde Mühlingen sowohl die Hegau-Ablachtal-Bahn, als auch eine Straße aus dem Ablachtal die Kontinentalwasserscheide überwinden und ins Einzugsgebiet des Bodensees führen.
Die Ablach wird im Quellgebiet von einem (durch Bifurkation entstandenen) Teil der Mindersdorfer Aach und aus dem benachbarten Moorgebiet der Waltere gespeist. Sie fließt stets in Nordostrichtung, passiert die Stadt Meßkirch (616 m, im Bild unten) und das Dorf Ablach (614 m), nach dem ihr bei Krauchenwies (599 m) von rechts der 30 km lange Andelsbach zufließt, der auf über 800 m Seehöhe an der Rhein/Donau-Wasserscheide entspringt und aus dessen Tal und Nebentälern Straßen über die Kontinentalwasserscheideübergänge Pfullendorf und Höchsten zum Bodensee führen.
Die Ablach passiert sodann die Stadt Mengen, nahe der sie in die Donau mündet.
Die in Nordostrichtung drehende Donau bildet ab dort die Alpengebietsgrenze und trennt das Schwäbische Alpenvorland (rechtes Ufer) von der zum Juragebirge gehörenden Schwäbischen Alb. Der Donau fließen sodann von rechts mehrere Alpenvorlandbäche zu. Erster Zufluss (bei Hundersingen, 535 m) ist die Ostrach.
Die 33 km lange Ostrach hat ein 200 km² großes Einzugsgebiet. Sie entsteht auf 620 m Seehöhe unmittelbar nördlich der Europäischen Kontinentalwasserscheide in der Nähe von Fleischwangen. Im Quellbereich nimmt sie von links einige Entwässerungskanäle des Hochmoores Pfrunger-Burgweiler Ried auf, das in Südrichtung über die Rotach zum Bodensee entwässert und über das eine die Kontinentalwasserscheide querende Kleinstraße vom Ostrachtal nach Wilhelmsdorf ins Quellgebiet des Bodenseezuflusses Rotach verläuft.
In Nordwestrichtung fließend zwängt sich die Ostrach in der Ortschaft Ostrach zwischen zwei enger stehenden Moränenhügeln hindurch, durchfließt in Nordostrichtung drehend den Weithart, die Göge und das Weitried und mündet nahe dem Ortsteil Hundersingen der Gemeinde Herbertingen in die Donau.
In der 13 km von Hundersingen entfernten Ortschaft Riedlingen (525 m) fließt der Donau von Süden die Schwarzach zu.
Die 22 km lange Schwarzach hat ein 150 km² großes Einzugsgebiet. Unter dem Namen Stadtbach entfließt sie in Nordostrichtung einem Klosterteich in Sießen (615 m), einem südlichen Vorort des Kur- und Bäderortes Bad Saulgau (im Bild unten die Therme).
In der Stadtmitte fließt von rechts der vom östlichen Vorort Lampertsweiler (Kontinentalwasserscheideübergang ins Einzugsgebiet des Bodenseezubringers Schussen) kommende Zeller Bach zu, verlässt das Stadtgebiet in Nordwestrichtung und der Bach nimmt den Namen Schwarzach an. In einem langen Bogen dreht sie wieder in Nordostrichtung und erreicht das Donautal, durchfließt den am rechten Ufer der Donau gelegenen Stadtteil von Riedlingen und mündet in die Donau.
Der Donau fließt nur 4 km später bei Daugendorf (521 m) die Kanzach von rechts zu.
Die 26 km lange Kanzach hat ein 160 km² großes Einzugsgebiet. Unter dem Namen Ach entspringt sie auf 595 m Seehöhe im moorigen Federseebecken, durchfließt nach 5 km den 1,4 km² großen Federsee und verlässt ihn als Kanzach, die den Ort Kanzach passiert (im Bild unten die Bachritterburg Kanzach), bei Burgau von rechts die Miesach aufnimmt (544 m) und nach 19 km in die Donau mündet.
In Nordostrichtung fließend erreicht die abschnittsweiseweise kanalisierte Donau nach 40 km Ersingen (481 m), wo die Riß von rechts zufließt.
Die (inkl. Quellbach) 49 km lange Riß hat ein 423 km² großes Einzugsgebiet. Sie entsteht durch den Zusammenfluss der 6 km langen Kalten Riß mit der etwas kürzeren Warmen Riß bei Winterstettendorf (560 m).
Die Kalte Riß entspringt auf 577 m Seehöhe in der Nähe des Kurortes Bad Waldsee, dessen nördlicher Vorort Mattenhaus auf der Kontinentalwasserscheide liegt und über den Verkehrswege das Tal des Donauzuflusses Riß mit dem Tal des Bodenseezubringers Schussen verbinden. Nach dem Zusammenfluss fließt die für eine Eiszeit namensgebende Riß in Nordrichtung, passiert die Kreisstadt Biberach an der Riß (524 m, im Bild unten), vor der sie von der Würtembergischen Südbahn (Ulm-Friedrichshafen) gequert wird und von rechts die 20 km lange Umlach einmündet (536 m).
Die Riß nimmt unterhalb der Kreisstadt nach 9 km südöstlich von Ingoldingen von links den Federbach auf, passiert westlich die Stadt Laupheim, erreicht schließlich in Rißtissen (425 m) das Donautal und mündet mit 4 künstlich angelegten Mündungsarmen bei Ersingen in die Donau.
Der Donau fließen schließlich bei der 7 km weiter flussabwärts gelegenen Ortschaft Erbach zuerst die Westernach und 500 m später die Rot von rechts zu (479 m).
Die selbst nur 6,5 km lange Westernach hat ein 180 km² großes Einzugsgebiet. Sie entsteht 3 km nördlich der Stadt Laupheim auf 490 m Seehöhe durch Zusammenfluss der von Süden kommenden Dürnach und der von Südosten kommenden Rottum. Die 32 km lange Dürnach (im Bild unten) entspringt in einem Waldgebiet nahe der Stadt Ochsenhausen auf 660 m Seehöhe, fließt in Nordrichtung, passiert die Stadt Laupheim und vereinigt sich nach über 3 km mit der von rechts kommenden Rottum zur Westernach.
Die inkl. Quellbächen fast 44 km lange Rottum entsteht durch Zusammenfluss der 13 km langen Bellamonter und der 9 km langen Steinhauser Rottum im Stadtgebiet von Ochsenhausen (576 m), von wo sie von beiden Seiten Kleinstbäche aufnehmend in Nordrichtung abfließt, die Orte Goppertshofen, Reinstetten, Schöneburg und Mietingen passiert, sodann das Stadtgebiet von Laupheim durchfließt und sich 3 km weiter nördlich mit der Dürnach zur Westernach vereinigt, die Achstetten westlich passiert, das Donautal erreicht und bei Erbach in die Donau mündet.
Die (inkl. Quellbach Pfaffenrieder Bach) 56 km lange Rot hat ein 297 km² großes Einzugsgebiet.
Sie entsteht durch den Zusammenfluss des 13 km langen Pfaffenrieder Baches (entspringt im Gemeindegebiet von Bad Wurzach auf 780 m Seehöhe) mit dem 7 km langen Ellbach (entspringt im Ortsteil Ellwangen der Gemeinde Rot an der Rot auf knapp 660 m Seehöhe) beim Hauptort Rot an der Rot auf 513 m Seehöhe (im Bild unten das „siebentürmige Rot an der Rot“).
Nach dem Zusammenfluss fließt die Rot stets in Nordrichtung in einem relativ schmalen Korridor zwischen den Flussläufen der Rottum und der Westernach im Westen und der Iller im Osten, passiert östlich das Ortsgebiet von Bussmannshausen, nähert sich im Unterlauf in Nordnordwestrichtung drehend der Westernach immer mehr an, nimmt im Ortsgebiet von Dellmensingen von rechts die Schmiehe auf und mündet südlich der Ortschaft nur 500 m unterhalb der Westernachmündung in die Donau.
Die nach der Rotmündung weiterhin in Nordostrichtung fließende Donau erreicht die Stadt Ulm, in deren südlichen Stadtteil Neu-Ulm von rechts die dort die Grenze zwischen Baden-Württemberg und Bayern bildend Iller (siehe Iller-Gebiet) einmündet (468 m) und der Donau erstmals aus dem Zentralalpengebiet (Allgäuer Alpen) und auch aus Österreich stammendes Wasser zuführt.
