Die Gewässer des deutschen Alpengebietes erreichen einerseits über die Donau und das Schwarze Meer das Mittelmeer, und andererseits über den Rhein die Nordsee und damit den Atlantischen Ozean. Durch das deutsche Alpengebiet verläuft ein kurzer, weniger als 200 km langer Abschnitt der Europäischen Hauptwasserscheide, (auch Große Europäische Wasserscheide oder Europäische Kontinentalwasserscheide).
Wie im Anhang von Band 1 dargestellt, trennt diese die Zuflüsse des Mittelmeeres (inklusive dessen Nebenmeere Adria, Ägäis, Marmara Meer, Schwarzes Meer, Asowsches Meer usw.) von den Zuflüssen des Atlantiks (inklusive dessen Nebenmeere Nordsee und Ostsee) zwischen Gibraltar und den 200 km westlich von Moskau gelegenen Smolensker Höhen. Die Europäische Kontinentalwasserscheide passiert Deutschland nur innerhalb der südlichen Bundesländer Baden-Württemberg und Bayern, und zwar überwiegend als Rhein/Donau-Wasserscheide. Nur der östlichste Abschnitt im Grenzgebiet zu Tschechien wird von der Elbe/Donau-Wasserscheide gebildet (siehe Karte unten).
Das deutsche Alpengebiet hingegen wird von der Rhein/Donau-Wasserscheide bloß innerhalb der Allgäuer Alpen und des diesen nordwestlich vorgelagerten Schwäbischen Alpenvorlandes durchlaufen, und zwar zwischen dem in den Allgäuer Alpen gelegenen Grenzberg Hoher Ifen, auf dem die Kontinentalwasserscheide von Österreich (Vorarlberg) nach Deutschland (Bayern) übertritt -, und der innerhalb Baden-Württembergs nördlich des Westendes des Bodensees gelegenen Ortschaft Mühlingen (625 m, Bild unten), in deren Gemeindegebiet die Kontinentalwasserscheide das Schwäbische Alpenvorland (und damit auch das Alpengebiet) verlässt und ins Juragebirge übertritt.
Dieser Abschnitt ist seinerseits wieder nur ein kleiner Teil jener Strecke, die die Europäische Kontinentalwasserscheide zwischen dem Schweizer Lunghinpass in den Rätischen Alpen und dem Fichtelgebirge im Nordosten Bayerns als Rhein/Donau-Wasserscheide zurücklegt.
Das Gesamteinzugsgebiet des Rhein (exkl. Maasgebiet) wird im Band 4 -, jenes der Donau im Band 5 dargestellt, weshalb im Rahmen gegenständlicher Ausführungen hinsichtlich des alpinen deutschen Donaueinzugsgebietes nur der Flussverlauf der Donau innerhalb Deutschlands und deren alpine Zuflüsse detailliert beschrieben wird.
Im Rahmen der Schilderung des (kleineren) alpinen deutschen Rheineinzugsgebietes im Folgekapitel erfolgt auch (teils wiederholend) eine Beschreibung der gesamten Rhein-Einzugsgebietsgrenze (inkl. Maasgebiet), wobei deren innerdeutscher Verlauf detailliert -, der alpine Verlauf samt Verkehrsübergängen präzise dargestellt wird.
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