Die in folgender Verlaufsbeschreibung vergrößert und fett hervorgehobenen Verkehrsübergänge bzw. Passhöhen liegen in Bayern innerhalb des Einzugsgebietes des Inn.
Der 517 km lange Inn ist der Abfluss des östlich des Lunghinpasses (2.645 m) auf 2.484 m Seehöhe in den Rätischen Alpen im Schweizer Kanton Graubünden gelegenen von mehreren kleinen Gebirgsbächen gespeisten Lunghinsees (im Bild unten), von dem er zur flachen Nordflanke des Malojapasses (1.815 m) hinabstürzt und in den Silsersee (1.797 m), den südwestlichsten der 4 im Oberengadin auf der Engadiner Seenplatte gelegenen Seen, eimündet.
Der Inn durchfließt (nach Silvaplanersee, Champfèrersee und St. Moritzersee, 1.768 m) in Nordostrichtung den insgesamt rund 100 km langen Engadin genannten Talabschnitt, der im Westen von der Europäischen Hauptwasserscheide und im Osten von der entlang des Alpenhauptkamms verlaufenden Alpenhauptwasserscheide (dort zugleich auch Donau/Adria-Wasserscheide) begrenzt wird und bis Zerenz Oberengadin-, dann Unterengadin (im Bild unten) genannt wird, tritt bei Finstermünz auf österreichisches Staatsgebiet über (1.017 m) und wird (nach rechtsseitigem Zufluss des vom Reschenpass kommenden Stillebach) im Oberinntal genannten Talabschnitt zum Grenzfluss zwischen Ötztaler Alpen (rechtes Ufer) und Rätischen Alpen, und zwar rund 35 km lang bis Landeck, wo von Westen die die Rätischen Alpen von den Lechtaler Alpen trennende Sanna zufließt (775 m) und der Inn in Ostrichtung dreht.
Der nunmehr die Lechtaler Alpen (Nordufer) von den Ötztaler Alpen trennende Inn passiert nach 15 km die hoch über dem Nordufer gelegene Stadt Imst, südlich der von Norden der vom Fernpass kommende und die Lechtaler Alpen vom Wettersteingebirge trennende Pigerbach (im Oberlauf Gurglbach) einmündet (720 m) und wird für 7 km bis zum südseitigen Zufluss der die Ötztaler Alpen von den Stubaier Alpen trennenden Ötztaler Ache bei Ötztal-Bahnhof (676 m) zum Grenzfluss zwischen Wettersteingebirge (Nordufer) und Ötztaler Alpen.
Als Grenzfluss zwischen dem Wettersteingebirge und den Stubaier Alpen (Südufer) nimmt der Inn nach 30 km bei Inzing von Norden den vom Seefelder Sattel kommenden und das Wettersteingebirge vom Karwendel trennenden Niederbach auf (601 m) und tritt 6 km später als Grenzfluss zwischen Karwendel (Nordufer) und Stubaier Alpen nach südlichem Zufluss der Melach (587 m) in den Unterinntal genannten Talabschnitt ein, in dem er das Stadtgebiet von Innsbruck durchfließt (im Bild unten), in dem von Süden die vom Brennerpass kommende und die Stubaier Alpen von den Tuxer Alpen trennende Sill einmündet (565 m).
Der unterhalb von Innsbruck bis zur noch über 70 km entfernten deutschen Grenze allmählich und großräumig in Nordrichtung drehende Inn verlässt als Grenzfluss zwischen Karwendel (Nordufer) und Tuxer Alpen das östliche Stadtgebiet von Innsbruck, erreicht nach 35 km den Industrieort Jenbach, bei dem zuerst von Norden der vom Mauracher Sattel kommende und das Karwendel vom Rofan trennende Kasbach -, und nur 5 km später von Süden der die Tuxer Alpen von den Kitzbüheler Alpen trennende Ziller zufließen (517 m).
Als Grenzfluss zwischen den Kitzbüheler Alpen (rechtes Ufer) und dem auch Brandenberger Alpen genannten Rofangebirge erreicht der Inn nach 3 km die Ortschaft Kramsach, bei der von Norden die im Oberlauf Valepp genannte Brandenberger Ache einmündet (510 m, im Bild unten), deren Quellgebiet in Bayern liegt und dem Inn somit erstmals von deutschem Staatsgebiet stammendes Wasser zuführt.
Das Quellgebiet der mehrmals den Namen wechselnden Brandenberger Ache liegt in Südbayern im Gemeindegebiet von Rottach-Egern südlich des Tegernsees in Grenznähe zu Österreich im Mangfallgebirge, einer Untergruppe der Bayerischen Voralpen. Die obersten (nördlichsten) 62 km² ihres 282 km² großen Einzugsgebietes liegen in Bayern; der Rest in Tirol. Mündungsfernste Quelle ist jene des 5,5 km langen Neualpenbaches, der auf 1.340 m Seehöhe entspringt und sich mit dem südlich des Risserkogels (1.826 m) bei der Bernauer Alm (1.464 m, im Bild unten mit dem Risserkogl) entsprungenen 2,7 km langen Bernauer Bach bei der Bernaustube (988 m) zur 5 km langen Weißen Valepp vereinigt, der später von links der 2,7 km lange Ankerbach zufließt (952 m), durch dessen Tal eine Straße über den Wechsel zum Tegernsee führt.
Die in Ostrichtung fließende Weiße Valepp vereinigt sich bei der Valeppalm (im Bild unten) mit der von Norden kommenden Roten Valepp, dem Abfluss des Spitzingsees, von dem eine Straße über den Spitzingsattel zum Schliersee führt, zur Valepp (870 m), die in Südrichtung nach knapp über 1 km die österreichische Grenze überschreitet (850 m) und ab dort Grundache heißt.
Der ab dem Grenzübertritt nach Österreich Grundache genannte (insgesamt über 30 km lange) Flusslauf nimmt nach 6 km von Osten den Marchbach auf und heißt ab dort für die restlichen 24 km Brandenberger Ache. Diese wird nach westseitigem Zufluss (790 m) der in Bayern (als Bairbach) nördlich der Bayerischen Wildalm (1.450 m, im Bild unten) entsprungenen Bairache nach der Erzherzog-Johann-Klause zur Grenze zwischen den Bayerischen Voralpen (linkes Ufer) und dem Rofan und tritt nach ostseitigem Zufluss des Ellbaches (710 m) beim Kaiserhaus gänzlich ins Rofangebirge ein, das sie in dessen Zentrum in Nord-Südrichtung durchquert, weshalb dieser Gebirgszug auch Brandenberger Alpen genannt wird. Die Brandenberger Ache erreicht, nachdem ihr von Westen die Steinberger Ache zugeflossen ist (710 m), aus deren Tal eine Straße über die innertiroler Passhöhe Oberbergalm ins Einzugsgebiet der Isar führt, schließlich das Unterinntal und mündet dort in den Inn.
Der Inn erreicht 30 km unterhalb von Kramsach die Tiroler Grenzstadt Kufstein, in deren südlichem Stadtteil Weissach von Osten die die Kitzbüheler Alpen vom Kaisergebirge trennende Weißache einmündet (478 m) und der nunmehr fast exakt in Nordrichtung fließende und in diesem Abschnitt durch das Grenzkraftwerk Oberaudorf-Ebbs (im Bild unten) aufgestaute Inn passiert als Grenzfluss zwischen Kaisergebirge (Ostufer) und Rofan die Stadt Kufstein, nach der sein linkes Ufer die Staatsgrenze bzw. die südliche Gemeindegrenze der bayerischen Grenzortschaft Kiefersfelden erreicht und er auf einer Strecke von rund 12 km zum Grenzfluss zwischen Österreich (Ostufer) und Deutschland wird.
Von der Westseite mündet nahe dem Autobahn-Grenzübergang Kiefersfelden der das Rofan von den Bayerischen Voralpen trennende 24 km lange Kieferbach ein (477 m, siehe Karte unten), der erst im Westen Kiefersfeldens von Tirol nach Bayern übergetreten ist und aus dessen Tal eine Straße über den Ursprungpass nach Bayrischzell führt.
Dem zum Grenzfluss zwischen Kaisergebirge (Ostufer) und Bayerischen Voralpen gewordenen Inn fließt kaum 6 km weiter nördlich am österreichischen Ufer zwischen Ebbs und Niederndorf knapp oberhalb der Staumauer des Kraftwerks Oberaudorf-Ebbs der das Kaisergebirge von den Chiemgauer Alpen trennende Jennbach zu (477 m), durch dessen Tal eine Straße über den Wildbichlpass ins bayerische Priental (im Bild unten) und weiter zum Chiemsee führt.
Der zum Grenzfluss zwischen Chiemgauer Alpen (Ostufer) und Bayerischen Voralpen gewordene Inn passiert die am Westufer gelegene bayerische Ortschaft Oberaudorf, an deren Nordrand der 16 km lange Auerbach einmündet (469 m, im Bild unten), durch dessen Tal eine Straße zum Sudelfeldpass und weiter nach Bayrischzell führt.
Der Inn tritt 8 km flussabwärts der Auerbacheinmündung bei dem am rechten Ufer gelegenen zur bayerischen Grenzortschaft Nußdorf am Inn gehörenden Weiler Windshausen gänzlich nach Deutschland über und in seinen untersten nur mehr Inntal genannten und immer breiter werdenden Talabschnitt ein (464 m).
Von Osten fließen danach gegenüber von Brannenburg im Hauptort Nußdorf die auch nur Achen genannte Steinbach Achen -, und 5 km unterhalb des Laufkraftwerks Nußdorf beim Markt Neubeuern (im Bild unten), der 1981 zum schönsten Dorf Deutschlands gekürt worden ist, der im Oberlauf Eschbach genannte 7,2 km lange Breitner Bach zu. Durch die Täler beider Bäche führen Straßen über den Wiedholzsattel ins Tal der Rohrdorfer Achen.
Der Inn erreicht 10 km nördlich von Neubeuern das am linken Ufer gelegene Stadtgebiet der Kreisfreien Stadt Rosenheim, gegenüber der von rechts die 18,6 km lange Rohrdorfer Achen einmündet, der kurz vorher die 7,8 km langen Sims, der Abfluss des 6,5 km² großen Simsssees (470 m, im Bild unten)) zugeflossen ist.
Von einem Nebental der Rohrbacher Achen führt eine Straße über den Wiedholzsattel nach Nußdorf am Inn. Weitere Nebentäler der genannten Bäche sind durch den Sattel von Frasdorf sowohl miteinander, als auch mit dem Priental verbunden. Über Pinswang besteht eine Straßenverbindung zwischen dem Simssee und dem Chiemsee.
Nur 1 km nördlich der rechtsseitigen Einmündung der Rohrdorfer Achen fließt dem Inn von links die das Stadtzentrum Rosenheims (im Bild oben) südlich begrenzende Mangfall zu (444 m, im Bild unten).
Die 58 km lange Mangfall ist der Abfluss des Tegernsees (726 m, im Bild unen der Austritt am Mangfall-Steg in Gmund), der aus zahlreichen Zuflussbächen (Weißach, Rottach, Alpbach, Söllbach, Breitenbach, Zeiselbach, Quirinbach, Grambach, Weidenbach) gespeist wird, die auf bis zu 1.500 m Seehöhe im Mangfallgebirge, einer Untergruppe der Bayerischen Voralpen, entspringen.
Die Mangfall hat ein Einzugsgebie von 1.099 km² (siehe Karte unten).
Vom Südufer des Tegernsees führt durch das Tal der 20,7 km langen Weißach (Hauptzufluss des Tegernsees) über Wildbad Kreuth eine Straße zum Achenpass, der eine Verbindung ins Tiroler Achental und somit zum Isargebiet herstellt. Von der am Nordufer des Tegernsees gelegenen Ortschaft Gmund am Tegernsee führt über den Sattel von Waakirchen eine Straße nach Bad Tölz und somit ebenfalls ins westlich gelegene Isargebiet.
Vom Südostufer des Tegernsees, an dem Rottach-Egern liegt (im Bild unten die dortige St.-Laurentius-Kirche), führt eine Mautstraße das Tal der 10 km langen Rottach aufwärts über den Wechsel ins Tal der Weißen Valepp und somit ins Einzugsgebiet der Brandenberger Ache.
Die Mangfall verlässt den Tegernsee bei Gmund in Nordrichtung und es fließt ihr nach 12 km von rechts die 13,1 km lange Schlierach, der Abfluss des Schliersees zu (632 m). Vom Tal der Schlierach und vom Schliersee (777 m, im Bild unten die Südansicht) führen neben diversen Kleinstraße, Forst- und Güterwegen über Potzenberg, Parsberg, und Neuhaus Straßen ins östlich benachbarte Tal der Leitzach.
In Nordrichtung fließend passiert die Mangfall nach 7 km Weyarn (650 m), wo sie von der Autobahn A 8 (Abschnitt Rosenheim-München) überquert wird, dreht nach weiteren 8 km bei Grubmühle scharf in Südostrichtung und erreicht nach 6 km die Gemeinde Feldkirchen-Westerham, wo von rechts die 33,5 km lange Leitzach einmündet (544 m). Innerhalb dieses Mangfallknies liegt der künstlich angelegte 1,47 km² große Seehamer See (653 m, im Bild unten), dessen Abfluss über Kraftwerksstollen in die Leitzach geleitet wird. Aus dem Tal bzw. den Nebentälern der Leitzach führen Straßen über den Ursprungpass und den Sudelfeldpass ins Inntal, über Potzenberg, Parsberg und Neuhaus ins Schlierachtal, sowie über den Spitzingsattel ins Tal der Roten Valepp und somit ins Gebiet der Brandenberger Ache.
Nach nördlichem Zufluss des rund 28,7 km langen Voralpenflusses Glonn bei dem 15 km unterhalb der Leitzachmündung liegenden Kurort Bad Aibling (472 m, siehe Karte unten) erreicht die Mangfall 10 km später das westliche Stadtgebiet von Rosenheim.
Im Stadtgebiet von Rosenheim mündet von Süden noch die 24 km lange Kalten (auch Kaltenbach) ein, die am Nordhang des mit Seil- und Zahnradbahn erreichbaren Aussichtsberges Wendelstein (1.838 m, im Bild unten) entspringt und vor Rosenheim das Landschaftsschutzgebiet Kaltenauen durchfließt. Die Mangfall mündet am Ostrand Rosenheims in den Inn.
Dem ins Bayerische Alpenvorland eintretenden Inn fließt 15 km unterhalb (nördlich) von Rosenheim bei der Ortschaft Obermühl von Osten die rund 39 km lange Murn zu, deren Zuflüsse u .a. die beliebten Badeplätze Hofstätter See (im Bild unten) und Rinssee entwässern.
Weitere 8 km nördlich erreicht bei Attel, einem südlichen Vorort der Stadt Wasserburg, die 40 km lange Attel von links den Inn (430 m), die 25 km westlich von Wasserburg und 30 km südöstlich von München bei der Stadt Grafing bei München (522 m) entsprungen ist.
Um die Stadt Wasserburg zieht der Inn eine enge Schleife, wodurch er die Altstadt fast vollständig (zu 7/8) umfließt und diese nur über eine schmale Landzunge erreichbar ist (siehe Bild unten).
Stark mäandernd in Nordostrichtung übergehend passiert der Inn teilweise kanalisiert die Stadt Mühldorf am Inn (384 m) und erreicht nach 60 km die Stadt Neuötting, vor der von links die 76 km lange Isen einmündet (371 m), die 40 km östlich von München bei Maitenbeth entspringt und das Isental, eine der naturbelassensten Landschaften Altbayerns (im Bild unten), durchfließt. Aus den Isenzubringertälern führen über die Übergänge Buch am Buchrain und Neufahrn Straßen ins Isargebiet, über Untermailing Seeon sowohl ins Isar -, als auch ins Vilsgebiet, sowie über den Schergenhubsattel und Buchbach ins Einzugsgebiet der Vils.
Nach Neuötting mündet in den nunmehr in Ostrichtung fließenden Inn von Norden der 20 km lange Reischachbach, durch dessen Tal eine Straße über die Passhöhe Pfennigholz ins Rottal führt.
Nur 7 km östlich der Reischachbachmündung fließt dem Inn kurz vor dem Markt Marktl (Geburtsort von Papst Benedikt XVI.) von Süden die Alz zu (360 m, im Bild unten).
Die 63 km lange Alz ist der Abfluss des Chiemsees, der 2 nennenswerte (südliche) Zuflüsse hat, und zwar die aus Österreich kommende Tiroler Achen und die 45,7 km lange Prien, die in den Chiemgauer Alpen in unmittelbarer Nähe der Staatsgrenze zu Österreich am Südostabhang des Spitzsteins (1.598 m, Grenzberg Bayern/Tirol) auf 1.150 m Seehöhe entspringt, in Ostrichtung im Bergdorf Sachrang (Gemeinde Aschau) die Nordauffahrt zum Wildbichlpass (Übergang ins Tiroler Unterinntal) erreicht, in Nordrichtung dreht und nach 12 km den Hauptort Aschau im Chiemgau (615 m, im Bild unten die dortige Flusslandschaft mit Schloss Hohenaschau) durchfließt, am Talausgang des Prientales die Ortschaft Frasdorf (Übergang ins Inntal bei Rosenheim) östlich passiert und bei der Ortschaft Prien am Chiemsee, von der in Westrichtung eine Straße über Pinswang zum Simssee führt, in die Südwestecke des Chiemsees mündet.
Hauptzufluss des Chiemsees (und somit als Oberlauf der Alz zu sehen) ist der insgesamt 79 km lange Flusslauf der in Österreich Großache -, und nach dem Grenzübertritt nach Bayern Tiroler Achen genannte Flusslauf, der im Grenzgebiet der österreichischen Bundesländer Tirol und Salzburg in den Kitzbüheler Alpen auf 1.797 m Seehöhe entspringt, mehrmals den Namen wechselnd den Ostteil Tirols in Süd-Nordrichtung quert (siehe Ausführungen in Band 5) und nach 55 km in den Chiemgauer Alpen nördlich der Tiroler Ortschaft Kössen als Großache die Staatsgrenze bei der Entenlochklamm genannten Talenge (im Bild unten) überschreitet. Die innerhalb Österreichs durchflossenen Talschaften werden (zusammengefasst) als Gaichttal -, der 24 km lange bayerische Abschnitt als Achental bezeichnet. Noch vor dem Grenzübertritt mündet im Kaiserwinkel südlich von Kössen von Osten der Loferbach in die Großache (592 m) und führt dieser erstmals von deutschem Alpengebiet stammendes Wasser zu.
Der 17 km lange Loferbach entspringt als Schwarzlofer in den Chiemgauer Alpen im österreichischen Bundesland Salzburg beim grenznahen Skigebiet Steinplatte auf 1.400 m Seehöhe, überschreitet noch im Quellgebiet die Staatsgrenze und nimmt nach 3 km von rechts den Dürrnbach auf (760 m), aus dessen Tal eine Straße über das Dürrfeldkreuz nach Ruhpolding führt.
Weitere 4 km westlich fließt bei Reit im Winkel von Norden die Weißlofer zu, durch deren Tal eine Straße über den Maserer Pass ins Tal der Tiroler Achen führt. Nach der Vereinigung überschreitet der nunmehr Lofer genannte Bach die österreichische Grenze und mündet als Loferbach in die Großache (im Bild unten mit dem Kaisergebirge links hinten).
Die Tiroler Achen passiert nach dem Grenzübertritt in Nordostrichtung die Ortschaft Schleching (569 m), nimmt nach 10 km bei Unterwössen von Süden den Wössnerbach auf (550 m), aus dessen Tal eine Straße über den Maserer Pass nach Reit im Winkel führt, dreht in Nordrichtung, passiert die Ortschaft Grassau, wird nach 12 km von der Autobahn A 8 (Abschnitt Rosenheim-Salzburg) gequert und mündet 2 km später deltabildend (siehe Bild unten) in die Südostecke des Chiemsees.
Der auch Bayerisches Meer genannte 79,9 km² große Chiemsee liegt auf 518 m Seehöhe und ist der größte See Bayerns und (nach Bodensee und Müritz) auch der drittgrößte See Deutschlands.
Der Chiemsee ist maximal 73 m tief, hat ein Volumen von knapp über 2 km³ und eine Uferlänge von fast 64 km. Außer einer winzigen bloß 22 m² großen Schalch genannten künstlichen Insel liegen im Chiemsee 3 Inseln, nämlich die Herreninsel (238 ha), die Fraueninsel (15,5 ha), sowie die unbewohnte Krautinsel (3,5 ha), die alle autofrei sind und zusammen die Gemeinde Chiemsee bilden.
Auf der Herreninsel befindet sich eines der von König Ludwig II erbauten Bayerischen Königsschlösser, nämlich das Neue Schloss Herrenchiemsee (im Bild unten die Parkseite). Zentrum der Fraueninsel ist das Benediktinerinnkloster Frauenchiemsee.
Die Alz verlässt den Chiemsee an seinem nördlichsten Punkt bei der Ortschaft Seebruck im Bayerischen Alpenvorland und erreicht als Obere Alz nach 10 km die Marktgemeinde Altenmarkt an der Alz, in der von Osten die Traun einmündet (487 m).
Die inkl. des mündungsfernsten Quellbaches Fischbach 54 km lange Traun entsteht durch den Zusammenfluss von Weißer- und Roter Traun 29 km oberhalb der Mündung nördlich von Siegsdorf (615 m, im Bild unten die Rote Traun in der linken Bildhälfte).
Der Hauptstrang Weiße Traun (westlicher Quellfluss) ist 13 km lang und entsteht durch den Zusammenfluss des 12 km langen Fischbaches (rechter Oberlauf), der in Österreich im Bundesland Salzburg auf 1.180 m Seehöhe östlich der Winkelalm entspringt, in Nordrichtung das kleine Skigebiet Heutal (900 m) quert, danach durch eine enge Schlucht über Wasserfälle nach Bayern überritt (790 m) und in den Ruhpoldinger Talkessel (im Bild unten) einfließt -, und der 8 km langen, aus dem Zusammenfluss mehrerer Gebirgsbäche entstandenen Seetraun (westlicher Oberlauf), die neben dem Förchensee auch das nördlich des Dürrfeldkreuzes (Übergang in den Kaiserwinkl nach Reit im Winkel) gelegene Dreiseengebiet entwässert, im Ortsteil Laubau (690 m) Ruhpoldings (im Bild unten), von dem in Ostrichtung eine Straße den Ruhpoldinger Talkessel verlässt und über den Rauchenbichl ins Tal der Roten Traun führt.
Die Weiße Traun durchfließt in Nordrichtung Ruhpolding und Siegsdorf (siehe Karte unten), wird von der Autobahn A 8 (Abschnitt Rosenheim-Salzburg) gequert und vereinigt sich mit der von rechts zufließenden Roten Traun zur Traun (600 m).
Die knapp 10 km lange Rote Traun entsteht durch Zusammenfluss des 7 km langen auf 900 m Seehöhe entsprungenen Großwaldbaches (rechter Quellfluss) mit dem nur knapp 5 km langen, den Falkensee (im Bild unten) durchfließenden Falkenseebach im Ortsgebiet von Inzell (690 m). Die Quellen des Falkenseebaches liegen im Naturschutzgebiet Östliche Chiemgauer Alpen zwischen Falkenstein (1.181 m) und Großer Turm (1.120 m) nur 200 m nördlich der Quelle des Weißbaches, in dessen Tal eine Straßenverbindung von Inzell über den Eng Pass besteht.
Der Roten Traun fließt noch im Ortsgebiet von Inzell (im Bild unten) von Süden der vom Eng-Pass (Übergang ins Saalachtal) kommende Sulzbach -, und unterhalb von Inzell von links der Froschbach zu, aus dessen Tal eine Straße über den Rauchenbichl ins Tal der Weißen Traun führt. Kurz vor der Vereinigung mit der Weißen Traun wird sie von der Autobahn A 8 gequert und nimmt von rechts den Rettenbach auf, dessen Tal die Autobahn aufwärts folgt und über den Teisenberg ins Einzugsgebiet der Salzach führt.
Die Traun passiert in der Folge ins Bayerische Alpenvorland eintretend die Stadt Traunstein (591 m), danach die Orte Traunwalchen (571 m) und Traunreut (551 m) und mündet schließlich bei Altenmarkt an der Alz beim Traunspitz von rechts in die Alz (im Bild unten).
Nach der Trauneinmündung mäandert die Alz (nunmehr als Untere Alz, im Bild unten bei Emmerting) weiter in Nordrichtung durchs Hügelgebiet des Bayerischen Alpenvorlandes, passiert die Orte Trostberg (492 m), Garching an der Alz (459 m), Burgkirchen an der Alz (425 m) und Emmerting (390 m), wird von der nur teilweise fertiggestellten Bundesautobahn A 94 (München-Passau) gequert und mündet nach 53 km bei der Alzspitze, 2,5 km nordwestlich von Marktl in den Inn. Rechnet man dem 63 km langen Flusslauf als Alz noch den 79 km langen Oberlauf (als Großache und Tiroler Achen) und den 8 km breiten Chiemsee (zwischen Tiroler Achen-Mündung und Alz-Austritt) hinzu, ergibt sich für die Alz eine Gesamtlänge von 150 km und sie ist damit der zweitgrößte Nebenfluss des Inn. Ihr Einzugsgebiet ist 2.197 km² groß, wovon 794 km² in Österreich -, der Rest in Bayern liegen.
Der Inn erreicht 10 km nach der Alzeinmündung die österreichische Grenze bei Haiming, wo ihm von rechts die dort die Grenze zu Österreich bildende Salzach zufließt (344 m).
Die 225 km lange Salzach ist der längste und wasserreichste Nebenfluss des Inn. Sie entspringt am Salzachgeier auf 2.300 m Seehöhe in den Kitzbüheler Alpen in Österreich und fließt innerhalb des Bundeslandes Salzburg vorerst in West-Ostrichtung entlang der Nordabhänge der Hohen Tauern, die sie entwässert. Sie ist, – außer dem Inn selbst -, das einzige deutschen Boden tangierende Gewässer, das Wasser vom Alpenhauptkamm mit sich führt.
Nach über 80 km dreht sie bei Schwarzach in Nordrichtung und nähert sich so der deutschen Grenze an, die sie unterhalb von Bischofshofen als Ostgrenze der Berchtesgadener Alpen östlich begleitet. Sie erreicht als Grenzfluss zwischen den Berchtesgadener Alpen (Westufer) und den Salzkammergutbergen 50 km nördlich von Schwarzach die Stadt Hallein (im Bild unten), bei der sie von Westen die ersten aus Deutschland kommenden Zuflüsse erhält.
Im Stadtgebiet Halleins fließt von links der über 3 km lange Kothbach zu (440 m), dessen Quellgebiete großteils knapp hinter der Staatsgrenze auf bayerischem Hoheitsgebiet liegen und aus dessen Tal und Zuflusstälern Straßenverbindungen über die Übergänge Oberau-Roßfeld und Scheffau in den Berchtesgadener Talkessel (im Bild unten) führen, der von der Berchtesgadener Ache entwässert wird, die in Ostrichtung nach Österreich übertritt und als Königsseeache 7 km nördlich von Hallein bei Hallein-Rif von links in die Salzach mündet.
Die im Gemeindegebiet von Puch bei Hallein auf 436 m Seehöhe von Westen in die Salzach einmündende Königsseeache entwässert als Berchtesgadener Ache den gesamten in der Südostecke Bayerns gelegenen Berchtesgadener Talkessel, in dem der Königssee und die Ortschaften Berchtesgaden, Ramsau, Bischofswiesen, und Schönau liegen. Der Flusslauf der Berchtesgadener Ache ist 18 km lang (davon innerhalb Österreichs 4,5 km als Königsseeache). Die Berchtesgadener Ache entsteht aus dem Zusammenfluss der von Süden kommenden 4,8 km langen Königsseer Ache mit der von Westen kommenden 12 km (inkl. Oberlauf als Klausbach 18 km) langen Ramsauer Ache im Ortsgebiet von Berchtesgaden (540 m).
Die Königsseer Ache ist der Abfluss des von steilen Berghängen eingebetteten fjordartigen 5,22 km² großen Königssees (603 m, im Bild unten), der 7,2 km (Nord-Süd) lang, maximal 1,2 km breit und bis zu 190 m tief ist und von zahlreichen Sturzbächen gespeist wird.
Hauptzufluss ist der in der Südostecke einmündende 600 m lange Saletbach, der Abfluss des 57 ha großen Obersees (613 m), südlich dem am südlichen Schluss des Tales des Königssees der Röthbachfall liegt, der mit einer Höhe von 380 m der höchste Wasserfall Deutschlands ist.
Bei der am Westufer des Königssees gelegenen und nur per Schiff erreichbaren Wallfahrtskirche St. Bartholomä mündet der rund 1,5 km lange Eisgraben in den Königssee, der am Fuß der 1.800 m hohen Watzmann-Ostwand entspringt, die als höchste Wand der Ostalpen touristisch vermarktet wird (im Bild unten mit St. Bartholomä im Vordergrund). Die Königsseer Ache verlässt den Königssee an dessen Nordufer, passiert in Nordrichtung das Ortsgebiet von Schönau am Königssee und vereinigt sich beim Hauptbahnhof von Berchtesgaden mit der Ramsauer Ache zur Berchtesgadener Ache.
Die Ramsauer Ache ist der Abfluss des 16,4 ha großen Hintersees (789 m, im Bild unten), dessen Hauptzufluss, der 6 km lange Klausbach am Hirschbichl (Passübergang nach Österreich ins Tal der Saalach) entspringt und als Oberlauf der Ramsauer Ache zu sehen ist.
Die Ramsauer Ache erreicht nach ihrem ostseitigen Austritt aus dem Hintersee nach 3 km den Hauptort der Gemeinde Ramsau bei Berchtesgaden, vor dem ihr von Norden der Lettenbach zufließt, durch dessen Tal eine Straße über die Schwarzbachwacht ins Saalachtal führt.
Im Ortsgebiet von Ramsau mündet nahe der Pfarrkirche St.Sebastian (im Bild unten) der Pletzergraben in die Ramsauer Ache, durch dessen Tal eine Straße über das Hochschwarzeck nach Bischofswiesen führt.
Unterhalb (östlich) von Ramsau nimmt die Ramsauer Ache von Süden den Wimbach auf, passiert den Ortsteil Engedey (578 m) der Gemeinde Bischofswiesen und es mündet danach von Norden die Bischofswiesener Ache ein, der kurz vorher der Schwarzeckbach zugeflossen ist, aus deren Tal Straßen über das Hochschwarzeck zum Oberlauf der Ramsauer Ache -, und über den Pass Hallthurm nach Bad Reichenhall führen (siehe Karte unten).
Nach der Vereinigung mit der Bischofswiesener Ache durchfließt die Ramsauer Ache das Ortsgebiet von Berchtesgaden (im Bild unten der Marktplatz), in dem sie sich mit der von Süden kommenden Königsseer Ache zur Berchtesgadener Ache vereinigt, die in Nordostrichtung Berchtesgaden verlässt, beim Ortsteil Unterau von rechts den Kainbach und kurz danach den Nesseltalgraben aufnimmt, aus deren Tälern Straßen über die Übergänge Oberau-Roßfeld und Scheffau nach Österreich in die Stadt Hallein im Salzachtal führen, und nach insgesamt 10 km den Markt Marktschellenberg (503 m) erreicht, vor dem von rechts der Tiefenbach zufließt, durch dessen Tal ebenfalls eine Straße zum Passübergang Scheffau führt.
Die Berchtesgadener Ache verlässt nach weiteren 3 km Deutschland am Hangendenstein-Pass, tritt nach Österreich (Bundesland Salzburg) über, nimmt den Namen Königsseeache an und mündet nach 4,5 km in Hallein Rif in die Salzach. Der Hangendenstein-Pass ist allerdings kein Pass im engeren Sinne, sondern nur eine auf der Staatsgrenze gelegene Anhöhe über dem Flussbett der Königsseeache, die dort eine Engstelle passiert. Wegen dieser Talenge verläuft auch die Straße entlang des oberen Talrandes, auf dem eine alte Steintafel die Grenze zwischen Salzburg und Bayern markiert (im Bild unten).
Die Salzach wird unmittelbar nach dem Zufluss der Königsseeache von der Tauernautobahn A 10 (Abschnitt Salzburg-Bischofshofen) überquert und fließt in das die Berchtesgadener Alpen nördlich begrenzende Salzburger Becken ein, in dem sie, – die Ostausläufer der Chiemgauer Alpen (Walserberg, Wartberg, Saalleiten, etc.) östlich passierend und ins Alpenvorland eintretend -, das Stadtgebiet von Salzburg durchfließt, an dessen Nordrand sie von der vom Grenzübergang „Großer Walserberg“ (im Bild unten) nach Wien führenden Westautobahn A 1 überquert wird und es fließt ihr 2 km später bei der bayerischen Grenzortschaft Freilassing von links die dort die deutsch/österreichische Grenze bildende Saalach zu (408 m).
Die 105,5 km lange Saalach hat ein 1.161,4 km² großes Einzugsgebiet (siehe Karte unten). Sie entspringt in Österreich in den Kitzbüheler Alpen in Tirol auf 1.998 m Seehöhe, tritt in Ostrichtung schon nach 1 km nach Salzburg über, durchfließt das Salzburger Glemmtal, dreht in Nordrichtung und durchfließt nach Saalfelden (744 m) die Berchtesgadener Alpen westlich begrenzend das (österreichische) Obere Saalachtal, aus dem von den Orten Weißbach bei Lofer (666 m) und St.Martin bei Lofer (633 m) Straßen in Ostrichtung zum Grenzpass Hirschbichl (Übergang in den Berchtesgadener Talkessel) führen.
Ab Lofer (626 m) wird die in Nordostrichtung drehende Saalach zum Grenzfluss zwischen den Chiemgauer Alpen (linkes Ufer) und den Berchtesgadener Alpen und tritt als solcher nach Unken (564 m) beim Grenzübergang Steinpass nach Bayern über. Im (deutschen) Unteren Saalachtal fließt ihr kurz nach dem Grenzübertritt bei Schneizlreuth (516 m, im Bild unten) von links der 7 km lange Weißbach zu, aus dessen Tal Straßen über den Eng-Pass nach Inzell ins Alzgebiet -, und durch den Antonibergtunnel nach Bad Reichenhall führen.
Der Saalach fließt 2 km unterhalb von Schneizlreuth in Unterjettenberg von Süden der 6 km lange Schwarzbach zu (500 m), durch dessen Tal eine Straße über die Passhöhe Schwarzbachwacht in den Berchtesgadener Talkessel führt.
Danach wird die Saalach westlich von Bad Reichenhall zum Saalachsee (486 m) aufgestaut (im Bild unten das vor dem Ersten Weltkrieg im Jugendstil erbaute denkmalgeschützte Laufwasserkraftwerk), nach dem sie den Kurort Bad Reichenhall durchfließt, in dessen Zentrum von links der über 2 km lange Hoswaschbach einmündet, dem eine Nebenstraße aufwärts zum Thumsee folgt und durch den Antonibergtunnel das Weißbachtal erreicht.
Nordöstlich des Ortsgebietes von Bad Reichenhall mündet im Ortsteil Weißbach von rechts der 7 km lange gleichnamige Bach in die Saalach, von dessen Oberlauf Straße und Bahn über die Passhöhe Hallthurm in den Berchtesgadener Talkessel führen.
Die Saalach wird nördlich der Ortschaft Piding (455 m) von der Autobahn A 8 (Salzburg-München) überquert, wird danach zum Grenzfluss zwischen Deutschland (linkes Ufer) und Österreich und mündet als solcher 13 km später das Gemeindegebiet der bayerischen Grenzstadt Freilassing begrenzend in die Salzach (im Bild unten).
Nach Zufluss der Saalach wird die Salzach selbst zum Grenzfluss zwischen Deutschland (Bayern, linkes Ufer) und Österreich (Bundesland Salzburg). In Nordrichtung fließend erreicht sie kurz vor der innerhalb des „Salzachknies“ auf einer Halbinsel gelegenen bayerischen Grenzstadt Laufen (im Bild unten) von Westen die 43,7 km lange Sur (400 m), aus deren Nebental, der Oberteisenberger Achen über den Teisenberg Straßen, Bahn und Autobahn (A 8) ins Trauntal führen.
Nach Fridolfing wird die Salzach zum Grenzfluss zwischen Bayern und Oberösterreich und es fließt ihr bei Tittmoning von links die 31 km lange Götzinger Achen zu (374 m), die die beiden im Rupertiwinkel gelegenen Seen, den Waginger See (442 m) und den Tachinger See, entwässert. Danach passiert die Salzach Burghausen und mündet bei Haiming in den Inn (im Bild unten die Salzach von links).
Ab dem an der Grenze der bayerischen Verwaltungsbezirke Ober- und Niederbayern erfolgten Salzachzufluss wird der Inn wieder zum Grenzfluss, und zwar zwischen Niederbayern (linkes Ufer) und dem oberösterreichischen Innviertel. In Nordostrichtung fließend passiert er nach 9 km die niederbayerische Stadt Simbach am Inn, gegenüber der in der oberösterreichischen Stadt Braunau von rechts die Mattig einmündet (337 m).
Der Inn erreicht nach weiteren 26 km den niederbayerischen Thermenkurort Bad Füssing, unterhalb dem auf der österreichischen Seite die Antiesen einmündet (320 m), er in Nordrichtung dreht, nach 4 km den Autobahngrenzübergang Suben (Passau-Linz) passiert und nach weiteren 5 km südlich der niederbayerischen Ortschaft Neuhaus am Inn von Westen den 111 km langen niederbayerischen Fluss Rott aufnimmt (305 m, im Bild unten), aus dessen Tal zahlreich Verkehrswege, darunter die Hauptstraßenübergänge über Hinterschachtholz und Falkenberg ins Einzugsgebiet der Vils -, über Churfürst und Dreifaltigkeit ins Wolfachtal -, sowie über Pfennigholz und das Reischachbachtal zurück ins innerbayerische Inntal nach Neuötting führen.
Gegenüber von Neuhaus liegt die oberösterreichische Stadt Schärding am Inn, an deren Nordrand von Osten die die Alpengebietsgrenze bildende Pram (diese trennt den in Österreich Sauwald genannten südlich der Donau gelegenen Teil des der Böhmischen Masse zuzuordnenden Bayerischen Waldes im Norden vom Hausruck genannten, den Salzkammergutbergen vorgelagertem Teil des oberösterreichischen Alpenvorlandes im Süden) einmündet. Zwischen der östlichen Prammündung (304 m) und der westlichen Einmündung des kaum 2 km langen Vornbacher Baches oberhalb des im Gemeindegebiet von Neuburg am Inn gelegenen Schlosses Vornbach (im Bild unten) bildet der Inn für 3 km die Alpengebietsgrenze und trennt den nichtalpinen oberösterreichischen Sauwald vom den Bayerischen Voralpen vorgelagertem Teil des Bayerischen Alpenvorlandes.
Nach der Einmündung des innerhalb Deutschlands die Alpengebietsgrenze bildenden Vornbacher Baches (dieser trennt den in Deutschland Neuburger Wald genannten südlich der Donau gelegenen Teil des der Böhmischen Masse zuzuordnenden Bayerischen Waldes im Norden vom Bayerischen Alpenvorland im Süden) dringt der Inn ins nichtalpine, der Böhmischen Masse zuzuordnenden Gebiet des Bayerischen Waldes ein, passiert nach dem Ortsteil Vornberg die Stadt Neuhaus am Inn, durchfließt, – den bayerischen Neuburger Wald im Westen vom oberösterreichischen Sauwald im Osten trennend –, eine fast 10 km lange Talenge (Vornbacher Enge), an deren Ende am linken Ufer das Universitätsviertel der Stadt Passau liegt und die Staatsgrenze den Flusslauf in Ostrichtung verlässt.
Der in Ostrichtung drehende Inn tritt auf deutsches Staatsgebiet über, passiert südlich die Altstadt und mündet nach kaum 2 km den Stadtteil Innstadt nördlich begrenzend auf 291 m Seehöhe in die Donau. Die „Dreiflüssestadt“ Passau liegt nicht im Alpengebiet, sondern innerhalb des Bayerischen Waldes (im Bild unten der Blick von Innstadt auf den Dreiflüsseeck genannten Zusammenfluss von Inn, Donau und Ilz).
Die Donau erreicht 2 km unterhalb der Innmündung am rechten Ufer bei Achleiten die österreichische Grenze (Stkm 2.223) und wird für über 21 km zum Grenzfluss zwischen Deutschland (linkes Ufer) und Österreich. Sie wird in diesem Abschnitt vom Laufkraftwerk Jochenstein (Stkm 2.203, im Bild unten) auf eine Stauhöhe von 290 m aufgestaut. Unterhalb der Staumauer fließt von links der Grenzbach Dandlbach zu (281 m, Stkm 2.202) und die Donau tritt Deutschland verlassend zur Gänze nach Österreich (Bundesland Oberösterreich) über und verläuft weiter innerhalb der Böhmischen Masse zwischen Mühlviertel und Sauwald.