Die in folgender Verlaufsbeschreibung vergrößert und fett hervorgehobenen Verkehrsübergänge bzw. Passhöhen liegen innerhalb des slowenischen Teiles des Einzugsgebietes der Mur.
Die Mur entspringt auf fast 1.900 m Seehöhe im Grenzgebiet Hohe Tauern/Niederen Tauern im österreichischen Bundesland Salzburg, fließt in Ostrichtung als Grenzfluss zwischen den Hohen Tauern (rechtes Ufer) und den Niederen Tauern durch den Salzburger Lungau bis zum rechtsseitigen Zufluss des die Grenze Hohe Tauern/Gurktaler Alpen bildenden Klausgrabens bei St.Michael (1.075 m), tritt als Grenzfluss zwischen den Niederen Tauern und den Gurktaler Alpen (rechtes Ufer) in die Steiermark über (952 m), wird nach rechtsseitigem Zufluss des Thajabaches (745 m) bei Teufenbach zum Grenzfluss zwischen den Niederen Tauern und den Lavanttaler Alpen (rechtes Ufer), ab dem linksseitigen Zufluss der Liesing (579 m) bei St. Michael in der Obersteiermark zum Grenzfluss zwischen den Ennstaler Alpen (linkes Ufer) und den Lavanttaler Alpen, bildet kurz danach ab dem linksseitigen Zufluss des Vordernberger Baches (540 m) in Leoben die Grenze zwischen Hochschwabgruppe (linkes Ufer) und Lavanttaler Alpen und erreicht schließlich die Stadt Bruck an der Mur, in der von links die die Grenze Hochschwabgruppe/Fischbacher Alpen bildende Mürz zufließt (480 m, Bild unten) und sie in Südrichtung dreht.
Nunmehr als Grenzfluss zwischen Fischbacher Alpen (Ostufer) und Lavanttaler Alpen nimmt die Mur von Osten bei Pernegg (475 m) den die Grenze Fischbacher Alpen/Grazer Bergland bildenden Breitauer Bach auf, erreicht als Grenzfluss Grazer Bergland/Lavanttaler Alpen (Westufer) das Stadtgebiet von Graz (353 m), nimmt von links den als Grenze Grazer Bergland/Oststeirisches Hügelland geltenden Schöcklbach auf, durchfließt als nunmehriger Grenzfluss zwischen dem Oststeirischen Hügelland und den Lavanttaler Alpen (rechtes Ufer) das Grazer Becken und ihr rechtes Ufer trifft 40 km südlich von Graz beim rechtsseitigen Zufluss des Gamlitzbaches in Ehrenhausen (258 m) auf das den Lavanttaler Alpen südöstlich vorgelagerte Voralpengebiet der Windischen Bühel (Slovenske Gorice). Nunmehr die Windischen Bühel begrenzend (rechtes Ufer) dreht die Mur bei Spielfeld (247 m) wieder in Ostrichtung und erreicht östlich der Nordauffahrt zum Grenzübergang Šentilj die slowenische Grenze.
Die Mur wird 20 km nördlich von Maribor ab der Ortschaft Ceršak (dt: Zierberg, im Bild oben die dortige an der Mur gelegene Kompostieranlage) auf einer Strecke von über 30 km zum Grenzfluss zwischen Österreich (Nordufer) und Slowenien. Noch vor der Grenze fließen ihr von rechts Gamlitzbach und Spielfeldbach zu, aus deren Tälern über die Grenzübergänge Ciringa und Šentilj Straßen ins Draugebiet führen. Letztgenannten Grenzübergang erreicht man auch durch das Tal der Selnica, die 8 km östlich von Spielfeld in Slowenien bei Sladki Vrh (im Bild unten die dortige Grenzfähre) ebenfalls von rechts in die Mur mündet.
Die Mur (dort Grenzmur genannt) fließt in Ostrichtung bis Bad Radkersburg (siehe Karte unten) entlang der teilweise recht steil zum rechten Murufer abfallenden Hänge der Slovenske Gorice, aus denen ihr in diesem Abschnitt außer der bereits erwähnten Selnica nur sehr kurze und kaum nennenswerte Bäche zufließen, von denen als Beispiel der bei Cmurek (237 m, im Bild unten das dortige Schloss) kaum 5 km lange Mlinski potok und die bei Gornja Radogna (211 m) einmündende Plitvica genannt seien.
Von Cmurek steigt eine Straße zur am Nordrand des Quellgebietes der Ščavnica gelegenen Ortschaft Trate an.
Bei Gornja Radgona (dt: Oberradkersburg) erreichen sanfte Ausläufer des Oststeirischen Hügellandes das linke (österreichische) Ufer der Mur. Diese dreht dort in Südostrichtung, wobei ihr von links gegenüber von Radenci der Grenzbach Kučnica, der in Österreich entspringt und Teile der Südausläufer des Oststeirischen Hügellandes bzw. des Goričko entwässert, zufließt (200 m, im Bild unten) und sie somit gänzlich auf slowenisches Staatsgebiet übertritt.
Danach verlässt die Mur das Alpengebiet, da sich am linken Ufer die zwischen Ledava und Mur liegenden Ebenen Ravensko und Dolinsko breit machen und auch am rechten Ufer sich die Abhänge der Slovenske Gorice immer mehr zurückziehen und der Ebene des Mursko polje Platz machen.
Die genannten Ebenen gehen nahtlos in die Pannonische Tiefebene über und zählen daher nicht mehr zum Alpengebiet. Die Mur durchfließt auf einer Strecke von kaum 30 km die genannten Ebenen bis Gibina, wo ihr von rechts die Ščavnica im Naturschutzgebiet Razkrižski kot zufließt (174 m, im Bild unten).
Die 56 km lange Ščavnica (dt: Stainz) ist der größte Fluss des nordöstlichen („murseitigen“) Teiles der Windischen Bühel.
Sie entsteht durch Zusammenfluss mehrerer südlich des Übergangs bei Trate auf 360 m Seehöhe an den Südhängen der zum rechten Murufer im Norden abfallenden Hügelkette entspringenden Kleinbächen nahe Zgornja Velka, fließt stets in Südostrichtung, passiert u. a. die Ortschaft Sveti Jurij ob Ščavnici (234 m, dt: St. Georgen an der Stainz), durchfließt den Gajševci jezero (186 m, im Bild unten) und erreicht bei Ljutomer den Rand der Windischen Bühel, wobei sie auf diesem Weg fast alle aus den Windischen Büheln Richtung Murtal abfließenden Bäche aufnimmt, durch deren Täler über die Übergänge Sveta Ana, Ihova, Cerkvenjak und Sveti Tomaz Verkehrswege ins Draugebiet führen.
Bei Ljutomer verlässt die Ščavnica das Alpengebiet, verläuft durch das Murfeld (Mursko polje), wo ihr noch die Kostanjevica und der Prosilki potok zufließen, durch deren Täler über die Übergange Mekotnjak-Radomerščak und Jeruzalem-Hermanci ebenfalls Verkehrswege ins Drautal führen. Sie erreicht die Mur noch knapp vor der kroatischen Grenze bei Gibina (174 m).
Die Mur wird unmittelbar nach Gibina zum Grenzfluss zwischen Slowenien (linkes Ufer) und Kroatien. Stark mäandernd und sich immer wieder in mehrere Flussarme aufteilend begleitet sie die Staatsgrenze zwischen Kroatien und Slowenien (siehe Karte oben rechte untere Bildecke), passiert die kroatische Grenzstadt Mursko Središće (167 m) und den slowenischen Grenzort Petišovci (im Bild unten der dortige Flusslauf der Mur) und erreicht das 25 km Luftlinie von Gibina entfernte Dreiländereck Slowenien/Kroatien/Ungarn, wo ihr die Ledava (dort Grenzfluss zwischen Slowenien und Ungarn, in der Karte unten rot markiert) von links zufließt (150 m).
Die 78 km lange Ledava (auch Lendava, dt: Limbach, ung: Lendva-patak) hat ein 1.940 km² großes Einzugsgebiet in Österreich, Slowenien und Ungarn. Sie entspringt (als Limbach) im österreichischen Bundesland Steiermark an der Alpenhauptwasserscheide nahe des Kapfensteins auf knapp unter 400 m Seehöhe im Voralpengebiet des Südoststeirischen Hügellandes, tritt in Südrichtung ins Burgenland über, überschreitet kurz danach (als Ledava) beim slowenischen Grenzort Sotina (dt: Stadelberg, ung: Hegyszoros) die Staatsgrenze zu Slowenien (240 m) und begleitet diese parallel östlich zum Grenzfluss Kutschenitza verlaufend bis Skakovci. Durch ihr Tal verläuft die vom knapp innerhalb Österreichs gelegenen Alpenhauptwasserscheidepass Rauscherriegel kommende und über den Grenzübergang Bonisdorf verlaufende Hauptstraße Nr. 433.
Kurz vor dem Austritt aus dem alpinen Gebiet wird die Ledava zum Ledavsko jezero (im Bild unten, 218 m) aufgestaut und es fließt ihr noch vor dem Stauraum von links die Lukaj zu, aus deren Tal Straßen über den auf der Alpenhauptwasserscheide gelegenen Grenzübergang Matjaševci-Zollhütte ins burgenländische Raabgebiet und über den Doličsattel ins Einzugsgebiet der Kerka führen.
Die Ledava fließt unterhalb des Stausees in die sich am linken Murufer breit machende Ebene ein (im Bild unten). Sie strebt jedoch nicht wie der westlich verlaufende von einem sanften Hügelzug begleítete Grenzfluss Kutschenitza in Südrichtung der kaum mehr 8 km entfernten Mur zu, sondern dreht bei Skakovci (206 m) in Südostrichtung und bildet bis zu ihrer rund 40 km entfernten Mureinmündung die südliche Alpengebietsgrenze innerhalb des Prekmurje, nimmt in der Folge sämtliche, aus dem gebirgigen Teil des Gebietes in Südrichtung der Mur zustrebenden Gewässer auf und ist der Grund dafür, dass der Mur innerhalb Sloweniens von links (mit Ausnahme des erwähnten Grenzbaches) kein einziger Alpingewässer führender Bach zufließt. Unterhalb von Skakovci fließt der Ledava von Norden der Bodonski potok zu (202 m), von dessen Zuflusstälern über die Anhöhe Krizarca eine Straßenverbindung ins Meraktal führt.
Knapp 6 km nach dem Bodonskizufluss passiert die Ledava die Stadt Murska Sobota und es fließt ihr dort von Norden der im Unterlauf Puconski potok genannte 18 km lange Mačkovski potok zu (191 m), durch dessen Tal nicht nur die über die Krizarca führende Straße, sondern auch die über den Stanjevskisattel nach Ungarn führenden Hauptverkehrsrouten verlaufen.
Sich immer mehr der Mur annähernd durchfließt die Ledava 25 km unterhalb von Murska Sobota nach linksseitigem Zufluss des Kobiljski potok die Stadt Lendava (160 m, ung: Lendva, dt: Unterlimbach, im Bild unten), das Zentrum des östlichsten Weinanbaugebietes Sloweniens.
Nach rund 12 km wird sie zum Grenzfluss zwischen Ungarn (linkes Ufer) und Slowenien und nimmt kurz danach bei Kerkaszentkirály (im Bild unten) die aus Ungarn kommende und die Alpengebietsgrenze bildende Kerka auf (152 m).
Der rund 70 km lange ungarische Fluss Kerka hat seinen Ursprung in Slowenien am Südfuß des Őrség im Prekmurje im Gemeindegebiet von Šalovci auf rund 300 m Seehöhe.
Vom Quellgebiet (im Bild unten) des dort Velika Krka genannten Flusses führen über die Alpenhauptwasserscheideübergänge Srebrni breg und Katin breg Straßen ins ungarische Raabtal. Weiters führen von den Tälern der Quellbäche der Velika Krka über die oben beschriebenen Übergänge Doličsattel, Krizarca und Stanjevskisattel Verkehrsverbindungen in Täler diversester linker Ledavazuflüsse.
Bei Hodoš (209 m) überschreitet die Velika Krka in Ostrichtung die Staatsgrenze zu Ungarn, dreht allmählich in Südostrichtung und vereinigt sich, – nachdem sie in Bajánsenye zu einem kleinen Badesee (im Bild unten) aufgestaut wurde -, mit der ebenfalls aus Slowenien kommenden Mala Krka zur Kerka, die in der Folge in Südrichtung dreht und die Ostgrenze des auf ungarisches Staatsgebiet übergreifenden Goričko und damit die Alpengebietsgrenze bildet.
Die Kerka dreht allmählich in Südrichtung, passiert die Stadt Lenti (165 m) und mündet bei Kerkaszentkirály in die Ledava. Die Täler der beiden Kerkaquellbäche Velika Krka und Mala Krka sind durch den Übergang Kameni breg miteinander verbunden.
Nach der Kerkaeinmündung verlässt die Ledava das Alpengebiet und mündet nach 4 km in der Ebene Mursko polje beim Dreiländereck Slowenien/Ungarn/Kroatien in die Mur (im Bild unten).
Die Mur verlässt nach dem Dreiländereck das slowenische Staatsgebiet, wird selbst zum Grenzfluss zwischen Ungarn (linkes Ufer) und Kroatien, nimmt im Gemeindegebiet von Murakeresztúr von links den bei Misefa von der Zala abgeleiteten Principális-Kanal auf und mündet nach 20 km bei der kroatischen Stadt Legrad von links in die Drau (130 m, siehe Drau-Gebiet).